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竺羽心

木虫 (小有名气)

[求助] 请大神帮忙解决如下A类错误已有1人参与

最近解析晶体时遇到如下错误,不知怎么解决,请论坛里的各位大神帮帮忙!问题如下:
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O10      ..O24      .       2.39 Ang.  
                                                      x,y,z  =      1_555 Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O21      ..O11'     .       2.34 Ang.  
                                                1-x,2-y,1-z  =      2_676 Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O22      ..O25      .       2.34 Ang.  
                                                1-x,2-y,1-z  =      2_676 Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O23      ..O10'     .       2.38 Ang.  
                                                1-x,2-y,2-z  =      2_677 Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O24      ..O25      .       2.16 Ang.  
                                                      x,y,z  =      1_555 Check

这个结构里有几个游离水分子,椭球都比较大,可能之间存在氢键,请问大家,这类问题要怎么继续精修或者解释
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已然选择了远方,便一路风雨兼程....
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)

去掉溶剂或者不加H
2楼2020-09-22 09:28:39
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卡布奇诺7

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

溶剂水的话,如果椭球很大,可能占有率不是1,只有0.5或者更小,调整完占有率后通过AFIX 3将水分子上的氢原子固定,占有率小于1的话,基本上就不会有氢键连接错误了,具有有几个水分子可以参考热重数据.
取次花丛懒回顾,半缘修道半缘君。
3楼2020-09-30 22:07:03
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