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铁虫 (小有名气)

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[交流] 单基因突变+肿瘤突变负荷+免疫细胞浸润文章套路

单基因突变+肿瘤突变负荷+免疫细胞浸润文章套路
                                                                                             --生信自学网
      今天我们我们要介绍一个单基因突变的文章套路，这个课程是根据5分的文章录制，文献题目是” EP300 mutation is associated with tumor mutation burden and promotes antitumor immunity in bladder cancer patients”。这个课程巧妙的通过TCGA和ICGC突变数据取交集，找到在两个数据库中突变频率都高的基因。然后找出这些基因中与肿瘤突变负荷和生存都具有相关性的基因，从中选出一个基因，进行后续的免疫细胞浸润分析。
      这个课程主要内容包括单基因肿瘤突变文章套路简介，转录组数据下载，转录组数据整理，id转换，临床数据下载，临床数据整理，TCGA突变数据下载，TCGA突变统计，TCGA瀑布图输入文件准备，TCGA瀑布图，ICGC突变数据下载，ICGC基因注释，ICGC突变统计，ICGC瀑布图输入文件准备，ICGC瀑布图，TCGA和ICGC突变数据取交集，计算肿瘤突变负荷，基因突变和TMB的关系，生存输入文件准备，基因突变的生存分析，独立预后分析，GSEA输入文件准备，GSEA富集分析，多GSEA富集图，免疫细胞浸润，免疫细胞浸润可视化，基因突变和免疫细胞的关系。

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