| 查看: 2832 | 回复: 0 | |||
[交流]
单基因突变+肿瘤突变负荷+免疫细胞浸润文章套路
|
|
单基因突变+肿瘤突变负荷+免疫细胞浸润文章套路 --生信自学网 今天我们我们要介绍一个单基因突变的文章套路，这个课程是根据5分的文章录制，文献题目是” EP300 mutation is associated with tumor mutation burden and promotes antitumor immunity in bladder cancer patients”。这个课程巧妙的通过TCGA和ICGC突变数据取交集，找到在两个数据库中突变频率都高的基因。然后找出这些基因中与肿瘤突变负荷和生存都具有相关性的基因，从中选出一个基因，进行后续的免疫细胞浸润分析。 这个课程主要内容包括单基因肿瘤突变文章套路简介，转录组数据下载，转录组数据整理，id转换，临床数据下载，临床数据整理，TCGA突变数据下载，TCGA突变统计，TCGA瀑布图输入文件准备，TCGA瀑布图，ICGC突变数据下载，ICGC基因注释，ICGC突变统计，ICGC瀑布图输入文件准备，ICGC瀑布图，TCGA和ICGC突变数据取交集，计算肿瘤突变负荷，基因突变和TMB的关系，生存输入文件准备，基因突变的生存分析，独立预后分析，GSEA输入文件准备，GSEA富集分析，多GSEA富集图，免疫细胞浸润，免疫细胞浸润可视化，基因突变和免疫细胞的关系。  01.JPG  02.JPG  03.JPG  04.JPG  05.JPG  06.JPG  07.JPG  08.JPG  09.JPG  10.JPG  11.JPG  主图.JPG |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿211生物学（0710）总分325求调剂
已经有2人回复
-
求调剂推荐
已经有4人回复
-
生物力学与组织工程学论文润色/翻译怎么收费?
已经有198人回复
-
沈阳农业大学生物与医药招收调剂生！！！！！！！！！！
已经有14人回复
-
总分343，求生物学调剂
已经有2人回复
-
生物与医药专硕，一志愿山东大学，初试成绩338，求调剂
已经有0人回复
-
考研292求调剂
已经有3人回复
-
安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分，英语已过四六级，六级521，求调剂
已经有4人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有1人回复
-
大连医科大学肿瘤干细胞研究院 招收生物化学与分子生物学专业硕士研究生
已经有0人回复
10
