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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】关于氢键络合物的求助
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snowliu2007

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于氢键络合物的求助

如果形成氢键络合物的两个单体可以形成氢键的部位很多，也就是是说这两个单体上有多条N-H、O-H键和N、O原子，这样就会形成很多的氢键络合物，因此就需要把这些可能的构型都找到。我的做法是在不同的位置将两个单体放到一块，设计不同的初始构型，然后优化。但是我担心可能由于初始构型的摆放原因，有的氢键络合物可能漏掉。我想请教给位高手，为了避免有的氢键络合物漏掉，有没有好的方法或软件吗？谢谢了！
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1楼 2009-07-16 15:28:39
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★
snowliu2007(金币+1):谢谢参与
snowliu2007(金币+1,VIP+0): 7-16 16:01
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-16 17:02
没啥别的办法。只能自己用GV摆着看。间或用一点排列组合知识。至少我没别的方法，期待高人
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2楼2009-07-16 15:55:57
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snowliu2007

木虫 (小有名气)
高人啊，出现吧
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3楼2009-07-17 08:07:57
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
snowliu2007(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+10,VIP+0):谢谢 7-17 11:35
snowliu2007(金币+3,VIP+0): 7-17 14:57
我近日为了作量子化学图形显示，也以氢键为例看了一下图形。
图形表明，是N、O原子的pi（孤对电子）作为电子给体，而H-O、H-N作为电子受体，实现少量电子转移，G03计算输出可以明确看到，形成氢键络合物的pi的MO的系数就是这样排布的，密度矩阵中对应的电子也是这样安排的。

于是可以观察氢键络合物生成前单体N、O原子的pi的HOMO，与氢键络合物生成前另一单体H-O、H-N的LUMO进行比较，因为正是这个HOMO的电子要有一点流向LUMO。
作为pi的MO，它自然是典型的P型轨道，有正负对称的两瓣。
H-O、H-N的LUMO怎样形成一个与pi对称性相同的轨道而起作用呢？
这时是H-O、H-N中的原子各出一个S型轨道，且一正一负，构成一个位相与P型轨道相似的单体的LUMO，从而实现HOMO与LUMO的融合，实现电子pi少量转移，能量降低，形成氢键。
这些，并不是我的推测、猜想，而是对分别计算氢键络合物和单体，它们的MO明确表明的。

因此我想，可以对形成氢键络合物的两个单体分别作计算，观察HOMO与LUMO，去寻找可能的形成氢键部位。对于可以形成氢键的部位很多，就不止看HOMO与LUMO，其上其下还要去找。
对于目前使用较高基组这种看MO是不容易的，然而将HOMO与LUMO等的图形画出，就一目了然了，比看MO容易得多。

当然以上只是供参考的设想，对形成氢键的部位很多时，真作起来可能还是不那么容易。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-28 at 11:36 ]
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4楼2009-07-17 10:17:56
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snowliu2007

木虫 (小有名气)
谢谢了，看来阁下一定是仔细研究过了，看来我得再好好学习学习！
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5楼2009-07-17 14:58:25
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