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snowliu2007木虫 (小有名气)
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【求助】关于氢键络合物的求助
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| 如果形成氢键络合物的两个单体可以形成氢键的部位很多，也就是是说这两个单体上有多条N-H、O-H键和N、O原子，这样就会形成很多的氢键络合物，因此就需要把这些可能的构型都找到。我的做法是在不同的位置将两个单体放到一块，设计不同的初始构型，然后优化。但是我担心可能由于初始构型的摆放原因，有的氢键络合物可能漏掉。我想请教给位高手，为了避免有的氢键络合物漏掉，有没有好的方法或软件吗？谢谢了！ |
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我近日为了作量子化学图形显示，也以氢键为例看了一下图形。 图形表明，是N、O原子的pi（孤对电子）作为电子给体，而H-O、H-N作为电子受体，实现少量电子转移，G03计算输出可以明确看到，形成氢键络合物的pi的MO的系数就是这样排布的，密度矩阵中对应的电子也是这样安排的。 于是可以观察氢键络合物生成前单体N、O原子的pi的HOMO，与氢键络合物生成前另一单体H-O、H-N的LUMO进行比较，因为正是这个HOMO的电子要有一点流向LUMO。 作为pi的MO，它自然是典型的P型轨道，有正负对称的两瓣。 H-O、H-N的LUMO怎样形成一个与pi对称性相同的轨道而起作用呢？ 这时是H-O、H-N中的原子各出一个S型轨道，且一正一负，构成一个位相与P型轨道相似的单体的LUMO，从而实现HOMO与LUMO的融合，实现电子pi少量转移，能量降低，形成氢键。 这些，并不是我的推测、猜想，而是对分别计算氢键络合物和单体，它们的MO明确表明的。 因此我想，可以对形成氢键络合物的两个单体分别作计算，观察HOMO与LUMO，去寻找可能的形成氢键部位。对于可以形成氢键的部位很多，就不止看HOMO与LUMO，其上其下还要去找。 对于目前使用较高基组这种看MO是不容易的，然而将HOMO与LUMO等的图形画出，就一目了然了，比看MO容易得多。 当然以上只是供参考的设想，对形成氢键的部位很多时，真作起来可能还是不那么容易。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-7-28 at 11:36 ] |
4楼2009-07-17 10:17:56
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