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sophie丁

新虫 (初入文坛)

[求助] 构象搜索 已有1人参与

各位大神,苦于没有GMMX软件,请问一下除了GMMX 可采用MMFF94力场进行构象搜索外,还有哪款软件也可进行同样的计算?(可信度高,影响力较大的,有文献支撑的)

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sophie丁

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-08-05 15:03:15
结构简单的话 如果你自己可以一下子给出所有可能的构象的初始结构交给高斯去算,当然就不需要构象搜索。而如果结构复杂,高斯又只能优化出最接近你给的初始结构的那个能量低点,这样就很可能会漏掉一些构象(即使有 ...

好的,谢谢。了解了,谢谢!因为确实跟文献进行了对比,直接用高斯算出来的能量确实比文献中采用力场进行预优化再采用高斯进行计算时能量要高的多。但是我现在采用了open babel 的MMFF94 力场进行预优化后,分子的结构出现了变形,直接脱离了

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9楼2020-08-05 15:17:38
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2020-07-31 14:52:54
Spartan 可以。  原理上也是单键旋转的算法寻找构象。并且支持 MMFF94力场。
2楼2020-07-31 12:15:17
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KIBPhyto

新虫 (职业作家)

3楼2020-07-31 13:46:02
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qinzhong6138

至尊木虫 (著名写手)

灰常灰常笨的小笨蛋

xtb +molcus做高温动力学退火

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

加油
4楼2020-08-01 16:12:50
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