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sophie丁

新虫 (初入文坛)

[求助] 构象搜索 已有1人参与

各位大神，苦于没有GMMX软件，请问一下除了GMMX 可采用MMFF94力场进行构象搜索外，还有哪款软件也可进行同样的计算？（可信度高，影响力较大的，有文献支撑的）

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1楼 2020-07-31 11:37:36
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2020-07-31 14:52:54
Spartan 可以。  原理上也是单键旋转的算法寻找构象。并且支持 MMFF94力场。
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2楼2020-07-31 12:15:17
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KIBPhyto

新虫 (职业作家)
Conflex

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3楼2020-07-31 13:46:02
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qinzhong6138

至尊木虫 (著名写手)

灰常灰常笨的小笨蛋
xtb +molcus做高温动力学退火

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sophie丁 sophie丁
加油
4楼2020-08-01 16:12:50
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sophie丁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-31 12:15:17
Spartan 可以。  原理上也是单键旋转的算法寻找构象。并且支持 MMFF94力场。

谢谢～

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5楼2020-08-05 14:50:51
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sophie丁

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引用回帖:
3楼: Originally posted by KIBPhyto at 2020-07-31 13:46:02
Conflex

谢谢～

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6楼2020-08-05 14:51:06
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sophie丁

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by qinzhong6138 at 2020-08-01 16:12:50
xtb +molcus做高温动力学退火

由于本人是刚入门的小白，我想请教一下，采用MMFF94力场进行构象搜索后再采用高斯进行运算，或直接采用高斯优化，得到的最稳态结构有什么区别？

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7楼2020-08-05 14:53:45
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by sophie丁 at 2020-08-05 01:53:45
由于本人是刚入门的小白，我想请教一下，采用MMFF94力场进行构象搜索后再采用高斯进行运算，或直接采用高斯优化，得到的最稳态结构有什么区别？
...

结构简单的话 如果你自己可以一下子给出所有可能的构象的初始结构交给高斯去算，当然就不需要构象搜索。而如果结构复杂，高斯又只能优化出最接近你给的初始结构的那个能量低点，这样就很可能会漏掉一些构象（即使有更低能量的构象，高斯可能也会错过。因为算法上高斯只能根据初始结构来搜寻势能面低点，但不确保找到的低点是能量的全局最低点）。构象搜索并不是可以让优化更准或怎么样的。只是帮你提供给高斯所有可能的构象的初始结构。这样防止漏掉一些构象而已。
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sophie丁
8楼2020-08-05 15:03:15
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sophie丁

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-08-05 15:03:15
结构简单的话 如果你自己可以一下子给出所有可能的构象的初始结构交给高斯去算，当然就不需要构象搜索。而如果结构复杂，高斯又只能优化出最接近你给的初始结构的那个能量低点，这样就很可能会漏掉一些构象（即使有 ...

好的，谢谢。了解了，谢谢！因为确实跟文献进行了对比，直接用高斯算出来的能量确实比文献中采用力场进行预优化再采用高斯进行计算时能量要高的多。但是我现在采用了open babel 的MMFF94 力场进行预优化后，分子的结构出现了变形，直接脱离了

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9楼2020-08-05 15:17:38
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sophie丁

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引用回帖:
4楼: Originally posted by qinzhong6138 at 2020-08-01 16:12:50
xtb +molcus做高温动力学退火

好的，谢谢。准备尝试一下～

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10楼2020-09-03 21:34:02
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