应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何冻结二面角？
101/1返回列表
查看: 532  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 flyskysky 的 8 个金币

flyskysky

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何冻结二面角？

我用guassian 3-21G，gen基组得到化合物的优化结构，发现了两个氢键，投稿后审稿说
You should show how much energy the calculated hydrogen-bonding structure is stabilized further than the other structures without intramolecular non-covalent interaction.  
要求我用计算证明带分子内氢键的构象比不带氢键的构象稳定。

根据http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1424943 中hairan的建议
我用 the Redundant Coordinate Editor  C12-C13-C14-C15的 二面角设为0 度后，进行优化，




可是一天后 算来的结果  C12-C13-C14-C15 居然转动了，还是生成一个带氢键的结构，问题到底出在哪里啦，

小弟guassian刚入，非常急用，希望虫友指点一下，不胜感谢！

gif文件：

%mem=512MB
# opt=modredundant b3lyp/gen pseudo=read scf=(maxcycle=300,xqc)

Title Card Required

0 1
C                  6.00552000   -1.32836500    0.79195100
C                  5.52036800   -0.22458000    1.57595200
C                  4.15100500   -0.49225100    1.91618200
C                  3.78710100   -1.75884200    1.34086900
C                  4.93527800   -2.27616400    0.64702400
C                  4.63635000    1.34512900   -1.31118400
C                  3.23280400    1.11629400   -1.06218200
C                  2.88104400   -0.15433700   -1.65824600
C                  4.05889000   -0.69084700   -2.27081200
C                  5.13956200    0.23695700   -2.05861900
Fe                 4.37539200   -0.41644200   -0.18912900
C                  2.40831600    2.04967300   -0.28275500
C                  0.93501343    1.68392393   -0.09581713
C                  0.20785202    2.76546751    0.74478849
C                 -1.28030406    2.49297878    0.99109626
N                 -1.94666587    3.45438779    1.70904196
O                 -1.84822870    1.48072375    0.54653806
O                  2.88098830    3.09628169    0.18634127
H                  0.86981095    0.70374321    0.39012197
H                  0.48221528    1.62825983   -1.08966618
H                  0.25368400    3.72466183    0.22398529
H                  0.71166312    2.88513486    1.71209404
H                  6.15822400    0.10142100   -2.38685900
H                  4.12769900   -1.63594200   -2.78676300
H                  1.90786600   -0.61929100   -1.65239800
H                  5.18260500    2.21186700   -0.97642200
H                  6.99317600   -1.41830200    0.36714600
H                  4.97963900   -3.20525600    0.10036200
H                  2.82607800   -2.24174500    1.42567000
H                  3.50628200    0.15146300    2.49371300
H                  6.07713300    0.65883000    1.84633400
H                 -1.52412516    4.34799684    1.86044282
H                 -2.85471157    3.26125236    2.08072962

D 12 13 14 15 0.000000

C  H O N 0
3-21g*
****
Fe 0
LANL2DZ
****

Fe 0
LANL2DZ


在得到的out文件中，应该有一系列的优化结构，
例如我的out文件中，有23个scf done，就应该有23个优化的空间构型吧
如何才能查看它们呢？找到我需要的C12-C13-C14-C15的 二面角为0 度的结构呢？

[ Last edited by flyskysky on 2009-7-17 at 09:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
有做顺磁自由基的朋友吗，大家交流一下吧！flyskysky@126.com
1楼 2009-07-16 07:29:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

szmeng

至尊木虫 (文坛精英)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-16 09:14
楼主还是请教身边搞高斯的帮帮。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-07-16 08:46:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xujinsheng

金虫 (正式写手)
也想学习，帮顶！
回复此楼
3楼2009-07-16 09:33:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flyskysky

银虫 (正式写手)
和没有设定二面角的结果一样！

[ Last edited by flyskysky on 2009-7-17 at 09:36 ]
赞一下 回复此楼
有做顺磁自由基的朋友吗，大家交流一下吧！flyskysky@126.com
4楼2009-07-16 14:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flyskysky

银虫 (正式写手)
我网上查了一下，好像是少了一个F （fixed，冻结）

那是应该写成

D 12 13 14 15 0.000000 F

还是

D 12 13 14 15  F 呢

请高手们指点一二！

[ Last edited by flyskysky on 2009-7-17 at 09:52 ]
赞一下 回复此楼
有做顺磁自由基的朋友吗，大家交流一下吧！flyskysky@126.com
5楼2009-07-17 09:36:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

poppyly

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-17 14:27
flyskysky(金币+1,VIP+0):thanks 7-18 09:19
D 12 13 14 15  F
回复此楼
6楼2009-07-17 13:13:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王中学

木虫 (正式写手)

海边拾贝的顽童
★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-17 15:32
flyskysky(金币+1,VIP+0):thanks 7-18 09:19
是要加上F的
回复此楼
君当如兰，幽谷长风，宁静志远
7楼2009-07-17 14:32:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengfc

金虫 (正式写手)
这个结构哪一块是氢键？如何判断的呢？
赞一下 回复此楼
8楼2009-08-14 07:21:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

neweroica

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-14 08:31
引用回帖:
Originally posted by flyskysky at 2009-7-16 07:29:
我用guassian 3-21G，gen基组得到化合物的优化结构，发现了两个氢键，投稿后审稿说
You should show how much energy the calculated hydrogen-bonding structure is stabilized further than the other structu ...

晕死。人家建议的是如何得到另一种构像，又不是要冻结二面角优化。为什么要冻结二面角优化？听起来就不合理。
赞一下(10人) 回复此楼
Simpler, stronger, more tolerant
9楼2009-08-14 08:18:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiechong

金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-14 10:33
楼主为什么不用内坐标优化？直接设定内坐标里的二面角不更直接点？

[ Last edited by tiechong on 2009-8-14 at 10:08 ]
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2009-08-14 10:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 flyskysky 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭