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flyskysky银虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】如何冻结二面角？
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我用guassian 3-21G，gen基组得到化合物的优化结构，发现了两个氢键，投稿后审稿说 You should show how much energy the calculated hydrogen-bonding structure is stabilized further than the other structures without intramolecular non-covalent interaction. 要求我用计算证明带分子内氢键的构象比不带氢键的构象稳定。 根据http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1424943 中hairan的建议 我用 the Redundant Coordinate Editor C12-C13-C14-C15的 二面角设为0 度后，进行优化， 可是一天后 算来的结果 C12-C13-C14-C15 居然转动了，还是生成一个带氢键的结构，问题到底出在哪里啦， 小弟guassian刚入，非常急用，希望虫友指点一下，不胜感谢！ gif文件： %mem=512MB # opt=modredundant b3lyp/gen pseudo=read scf=(maxcycle=300,xqc) Title Card Required 0 1 C 6.00552000 -1.32836500 0.79195100 C 5.52036800 -0.22458000 1.57595200 C 4.15100500 -0.49225100 1.91618200 C 3.78710100 -1.75884200 1.34086900 C 4.93527800 -2.27616400 0.64702400 C 4.63635000 1.34512900 -1.31118400 C 3.23280400 1.11629400 -1.06218200 C 2.88104400 -0.15433700 -1.65824600 C 4.05889000 -0.69084700 -2.27081200 C 5.13956200 0.23695700 -2.05861900 Fe 4.37539200 -0.41644200 -0.18912900 C 2.40831600 2.04967300 -0.28275500 C 0.93501343 1.68392393 -0.09581713 C 0.20785202 2.76546751 0.74478849 C -1.28030406 2.49297878 0.99109626 N -1.94666587 3.45438779 1.70904196 O -1.84822870 1.48072375 0.54653806 O 2.88098830 3.09628169 0.18634127 H 0.86981095 0.70374321 0.39012197 H 0.48221528 1.62825983 -1.08966618 H 0.25368400 3.72466183 0.22398529 H 0.71166312 2.88513486 1.71209404 H 6.15822400 0.10142100 -2.38685900 H 4.12769900 -1.63594200 -2.78676300 H 1.90786600 -0.61929100 -1.65239800 H 5.18260500 2.21186700 -0.97642200 H 6.99317600 -1.41830200 0.36714600 H 4.97963900 -3.20525600 0.10036200 H 2.82607800 -2.24174500 1.42567000 H 3.50628200 0.15146300 2.49371300 H 6.07713300 0.65883000 1.84633400 H -1.52412516 4.34799684 1.86044282 H -2.85471157 3.26125236 2.08072962 D 12 13 14 15 0.000000 C H O N 0 3-21g* **** Fe 0 LANL2DZ **** Fe 0 LANL2DZ 在得到的out文件中，应该有一系列的优化结构， 例如我的out文件中，有23个scf done，就应该有23个优化的空间构型吧 如何才能查看它们呢？找到我需要的C12-C13-C14-C15的 二面角为0 度的结构呢？ [ Last edited by flyskysky on 2009-7-17 at 09:58 ] |
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