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flyskysky银虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】如何才能得到限定的优化结构（None H bond),谢谢！
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【求助】 我用guassian 3-21G，gen基组得到化合物的优化结构，发现了两个氢键，投稿后审稿说 You should show how much energy the calculated hydrogen-bonding structure is stabilized further than the other structures without intramolecular non-covalent interaction. 要求我用计算证明带分子内氢键的构象比不带氢键的构象稳定。 那如何才能做限定得到一个不带氢键的优化呢。请指点一下，不胜感激！！！！！ 一开始的gjf文件如下！（如何才能做限定得到一个不带氢键的优化呢，我刚开始学，不知道如何限制） %mem=512MB # opt b3lyp/gen scf=(maxcycle=300,xqc) pseudo=read Title Card Required 0 1 C 3.07598000 2.65938900 0.08110700 C 1.83648900 1.98093400 0.33445900 C 2.00913500 1.14746500 1.49348900 C 3.36186100 1.30023200 1.94402100 C 4.02358000 2.23465800 1.07446200 C 3.26094900 -0.19425600 -2.01921700 C 2.92452500 -1.22870600 -1.06874900 C 4.06849400 -1.41926000 -0.20181800 C 5.09683900 -0.52785500 -0.63621200 C 4.59873300 0.22462400 -1.75849900 Fe 3.37488800 0.57614100 -0.05549200 C 1.62271900 -1.88388300 -1.03584400 C 1.39973300 -2.98495200 -0.00607600 C 1.02771700 -2.40583900 1.38052200 C -0.22369600 -1.51900600 1.46312600 N -1.06963300 -1.51865700 0.39436100 C -2.28584700 -0.68164200 0.42308400 C -3.47267700 -1.47017400 -0.15471300 C -4.79651000 -0.68211800 -0.09658800 N -4.57443900 0.72825700 -0.59145900 C -3.30916000 1.53066600 -0.38767800 C -2.08434200 0.59544200 -0.41750800 H -2.43513900 -0.42921400 1.47445200 O -0.43520400 -0.84951100 2.50046600 O 0.69587700 -1.54935900 -1.80906200 H 2.30439900 -3.59120700 0.09803900 H 0.59420100 -3.62950600 -0.37116500 H 1.85470100 -1.80600600 1.76887200 H 0.87001100 -3.23329600 2.08446900 H -3.60137600 -2.41135500 0.39076500 H -3.24628000 -1.71186300 -1.20207400 H -1.87349500 0.29513600 -1.45198200 H -1.21785500 1.15104700 -0.04276000 H -0.73649000 -1.82225600 -0.52546000 H 5.13986200 0.99051000 -2.29144800 H 6.07168200 -0.42073500 -0.18691800 H 4.14094500 -2.11195200 0.62127600 H 2.60039900 0.16940600 -2.78901000 H 3.27116100 3.34544300 -0.72834400 H 5.05232300 2.55164400 1.14614500 H 3.80584000 0.80033600 2.79086600 H 1.24444500 0.54334900 1.96020100 H 0.93223700 2.07475300 -0.24552400 H -5.19353647 -0.63847018 0.89606745 H -3.27429827 2.22937253 -1.19730374 H -3.38561389 2.06104031 0.53847420 H -5.52360744 -1.11179747 -0.75355440 H -5.40679798 1.27955979 -0.64841302 C H O N 0 6-31g* **** Fe 0 LANL2DZ **** Fe 0 LANL2DZ [ Last edited by flyskysky on 2009-7-11 at 08:01 ] |
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-11 19:44
flyskysky(金币+6,VIP+0):非常感谢！ 7-11 23:59
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-11 19:44
flyskysky(金币+6,VIP+0):非常感谢！ 7-11 23:59
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看了一下这个结构，如果你使用GaussView搭建模型， 可以如下操作： 使用二面角工具（把鼠标移至GaussView面板的图标上面时会显示图标是什么，找到二面角的那个点下去就可以了）调整C12-C13-C14-C15这四个原子构成的二面角， 现在大概是58度，你给他调整到180就行了 注意：调整之前需要将两个茂环和金属用键联起来， 这样才能保证调整二面角的时候其他原子的相对位置是固定的。 [ Last edited by hairan on 2009-7-11 at 19:08 ] |
7楼2009-07-11 19:06:00
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