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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何才能得到限定的优化结构（None H bond),谢谢！
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flyskysky

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何才能得到限定的优化结构（None H bond),谢谢！

【求助】

我用guassian 3-21G，gen基组得到化合物的优化结构，发现了两个氢键，投稿后审稿说
You should show how much energy the calculated hydrogen-bonding structure is stabilized further than the other structures without intramolecular non-covalent interaction.  
要求我用计算证明带分子内氢键的构象比不带氢键的构象稳定。

那如何才能做限定得到一个不带氢键的优化呢。请指点一下，不胜感激！！！！！

一开始的gjf文件如下！（如何才能做限定得到一个不带氢键的优化呢，我刚开始学，不知道如何限制）
%mem=512MB
# opt b3lyp/gen scf=(maxcycle=300,xqc) pseudo=read

Title Card Required

0 1
C                  3.07598000    2.65938900    0.08110700
C                  1.83648900    1.98093400    0.33445900
C                  2.00913500    1.14746500    1.49348900
C                  3.36186100    1.30023200    1.94402100
C                  4.02358000    2.23465800    1.07446200
C                  3.26094900   -0.19425600   -2.01921700
C                  2.92452500   -1.22870600   -1.06874900
C                  4.06849400   -1.41926000   -0.20181800
C                  5.09683900   -0.52785500   -0.63621200
C                  4.59873300    0.22462400   -1.75849900
Fe                 3.37488800    0.57614100   -0.05549200
C                  1.62271900   -1.88388300   -1.03584400
C                  1.39973300   -2.98495200   -0.00607600
C                  1.02771700   -2.40583900    1.38052200
C                 -0.22369600   -1.51900600    1.46312600
N                 -1.06963300   -1.51865700    0.39436100
C                 -2.28584700   -0.68164200    0.42308400
C                 -3.47267700   -1.47017400   -0.15471300
C                 -4.79651000   -0.68211800   -0.09658800
N                 -4.57443900    0.72825700   -0.59145900
C                 -3.30916000    1.53066600   -0.38767800
C                 -2.08434200    0.59544200   -0.41750800
H                 -2.43513900   -0.42921400    1.47445200
O                 -0.43520400   -0.84951100    2.50046600
O                  0.69587700   -1.54935900   -1.80906200
H                  2.30439900   -3.59120700    0.09803900
H                  0.59420100   -3.62950600   -0.37116500
H                  1.85470100   -1.80600600    1.76887200
H                  0.87001100   -3.23329600    2.08446900
H                 -3.60137600   -2.41135500    0.39076500
H                 -3.24628000   -1.71186300   -1.20207400
H                 -1.87349500    0.29513600   -1.45198200
H                 -1.21785500    1.15104700   -0.04276000
H                 -0.73649000   -1.82225600   -0.52546000
H                  5.13986200    0.99051000   -2.29144800
H                  6.07168200   -0.42073500   -0.18691800
H                  4.14094500   -2.11195200    0.62127600
H                  2.60039900    0.16940600   -2.78901000
H                  3.27116100    3.34544300   -0.72834400
H                  5.05232300    2.55164400    1.14614500
H                  3.80584000    0.80033600    2.79086600
H                  1.24444500    0.54334900    1.96020100
H                  0.93223700    2.07475300   -0.24552400
H                 -5.19353647   -0.63847018    0.89606745
H                 -3.27429827    2.22937253   -1.19730374
H                 -3.38561389    2.06104031    0.53847420
H                 -5.52360744   -1.11179747   -0.75355440
H                 -5.40679798    1.27955979   -0.64841302

C  H O N  0
6-31g*
****
Fe 0
LANL2DZ
****

Fe 0
LANL2DZ

[ Last edited by flyskysky on 2009-7-11 at 08:01 ]
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有做顺磁自由基的朋友吗，大家交流一下吧！flyskysky@126.com
1楼2009-07-09 00:27:58
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flyskysky

银虫 (正式写手)
请求支援啊，不胜感谢！
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有做顺磁自由基的朋友吗，大家交流一下吧！flyskysky@126.com
2楼2009-07-11 08:01:49
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-11 12:39
很难，基本上不可能
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-07-11 11:34:41
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学以致用
引用回帖:
Originally posted by Jasminer at 2009-7-11 11:34:
很难，基本上不可能

4楼2009-07-11 11:54:14
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flyskysky

银虫 (正式写手)
有人告诉我，
“用经典的势算一下氢键边上的结构。 经典的势是没有氢键效应的。和Ab Initio结构比一比”

经典的势 是怎么计算的啊？
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5楼2009-07-11 14:21:05
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-11 17:00
flyskysky(金币+1,VIP+0):谢谢！ 7-11 23:58
好象不同理论和方法之间是不能直接比较的。比较可行的一种思路是让上面的五员环转一点角度计算一下，能否得到一个比较稳定的状态。
赞一下(12人) 回复此楼
6楼2009-07-11 14:33:01
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-11 19:44
flyskysky(金币+6,VIP+0):非常感谢！ 7-11 23:59
看了一下这个结构，如果你使用GaussView搭建模型，
可以如下操作：
使用二面角工具（把鼠标移至GaussView面板的图标上面时会显示图标是什么，找到二面角的那个点下去就可以了）调整C12-C13-C14-C15这四个原子构成的二面角，
现在大概是58度，你给他调整到180就行了
注意：调整之前需要将两个茂环和金属用键联起来，
这样才能保证调整二面角的时候其他原子的相对位置是固定的。

[ Last edited by hairan on 2009-7-11 at 19:08 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
7楼2009-07-11 19:06:00
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flyskysky

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-7-11 19:06:
看了一下这个结构，如果你使用GaussView搭建模型，
可以如下操作：
使用二面角工具（把鼠标移至GaussView面板的图标上面时会显示图标是什么，找到二面角的那个点下去就可以了）调整C12-C13-C14-C15这四个原子构 ...

真是太有道理了，谢谢谢谢，我现在就来算算看
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8楼2009-07-11 22:03:20
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