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dongdong6930金虫 (正式写手)
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如何在配位水的氧上加氢，（尽可能详细些）谢谢！
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| 如何在配位水的氧上加氢，谢谢！ |
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竹玉箫
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9楼2009-07-20 17:24:06
244073931
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2楼2009-07-15 22:36:55
maomao11259
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dongdong6930(金币+2,VIP+0):辛苦了，我再试试看！ 7-16 09:21
洛阳学子(金币+2,VIP+0):多谢交流 7-19 18:55
paopaomeng(金币+1,VIP+0):如何用file命令呀？能具体说说嘛？谢谢 7-22 15:44
dongdong6930(金币+2,VIP+0):辛苦了，我再试试看！ 7-16 09:21
洛阳学子(金币+2,VIP+0):多谢交流 7-19 18:55
paopaomeng(金币+1,VIP+0):如何用file命令呀？能具体说说嘛？谢谢 7-22 15:44
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水分子上的氢最好能在残余峰上找到： 1. H-O-H的键长和键角（如键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间）； 2. 氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。 如精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。 从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。 在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如： H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05 H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05 加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同时把H的温度因子固定为母原子的1.5倍。改为如下： AFIX 3 H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.5000 H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.5000 AFIX 0 改完保存之后再做精修。（解决H原子位置变化的问题） H-O的键长，可以在xp界面下用himp指令来解决。 运行xp时，在file之前运行一次HIMP，就可以把H－O调整为理想的0.85A。 这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。 此外还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。 |
3楼2009-07-16 09:04:48
maomao11259
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4楼2009-07-16 09:10:58