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dongdong6930金虫 (正式写手)
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如何在配位水的氧上加氢，（尽可能详细些）谢谢！
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| 如何在配位水的氧上加氢，谢谢！ |
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maomao11259
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dongdong6930(金币+2,VIP+0):辛苦了，我再试试看！ 7-16 09:21
洛阳学子(金币+2,VIP+0):多谢交流 7-19 18:55
paopaomeng(金币+1,VIP+0):如何用file命令呀？能具体说说嘛？谢谢 7-22 15:44
dongdong6930(金币+2,VIP+0):辛苦了，我再试试看！ 7-16 09:21
洛阳学子(金币+2,VIP+0):多谢交流 7-19 18:55
paopaomeng(金币+1,VIP+0):如何用file命令呀？能具体说说嘛？谢谢 7-22 15:44
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水分子上的氢最好能在残余峰上找到： 1. H-O-H的键长和键角（如键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间）； 2. 氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。 如精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大（PLAN 50）,然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。 从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。 在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如： H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05 H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05 加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同时把H的温度因子固定为母原子的1.5倍。改为如下： AFIX 3 H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.5000 H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.5000 AFIX 0 改完保存之后再做精修。（解决H原子位置变化的问题） H-O的键长，可以在xp界面下用himp指令来解决。 运行xp时，在file之前运行一次HIMP，就可以把H－O调整为理想的0.85A。 这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。 此外还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。 |
3楼2009-07-16 09:04:48
244073931
至尊木虫 (著名写手)
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2楼2009-07-15 22:36:55
maomao11259
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4楼2009-07-16 09:10:58
dongdong6930
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如果有以下数据（在别人那里看到的）如何让来选择Q峰加氢？ environment O13 ok print Recalculate Delta 1.00000 Na1 1555 2.363 Na2 2657 2.673 114.83 Q6 1555 1.018 100.36 75.04 Q12 1555 0.965 83.15 158.79 91.28 Q17 1555 1.090 119.82 102.83 134.86 75.21 Q32 1555 0.976 166.38 74.06 71.20 86.32 65.20 Q37 4555 2.170 95.09 98.31 23.77 69.58 124.71 72.84 Q49 2657 2.297 72.16 92.99 28.98 81.58 151.75 97.81 28.22 O13 Na1 Na2 Q6 Q12 Q17 Q32 Q37 其中 O13的周围Q峰是Q6 Q12 Q17 Q32 哪个Q峰更合理？怎么看？谢谢！ |
6楼2009-07-18 22:17:12
