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yangyue5678

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子结构优化之前如何扫描 已有2人参与

求助各位大神,我做了个分子结构优化,有条审稿意见是
The studied molecule can present several minina, a scan on the dihedral angle 4-3-10-15 is necessary before proceeding to the other calculations.
请问这个scan要怎么做呢?谢谢大家
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paramecium86

版主 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yangyue5678 at 2020-07-24 04:10:18
版主,我做的势能扫描如图片,可以直接认为红圈所标注的点就是稳定结构吗?非常感谢


44.gif
...

有可能是 你得用这帧结构作为初猜结构再算一次结构优化才能得到精确地结构和能量。
9楼2020-07-24 20:13:06
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查看全部 9 个回答

天天进步啊

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangyue5678: 金币+15, 有帮助, 有用 2020-07-21 22:41:38
在gjf文件里用内坐标,不要用直角坐标,然后用关键词opt=modredundant,末尾加上二面角的扫描范围
分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2020-07-21 20:53:55
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangyue5678: 金币+35, ★★★很有帮助 2020-07-21 22:43:11
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节  https://muchong.com/t-14242735-1,具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。
分子结构优化之前如何扫描
QQ截图20200721091154.png

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2020-07-21 21:16:31
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yangyue5678

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 21:16:31
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节  https://muchong.com/t-14242735-1,具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。

QQ截图20200721091154.png
...

你好,请问扫描的目的是什么,扫描完之后需要做什么呢?
4楼2020-07-21 22:42:59
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