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yangyue5678

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子结构优化之前如何扫描 已有2人参与

求助各位大神,我做了个分子结构优化,有条审稿意见是
The studied molecule can present several minina, a scan on the dihedral angle 4-3-10-15 is necessary before proceeding to the other calculations.
请问这个scan要怎么做呢?谢谢大家
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yangyue5678

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 23:01:38
所谓扫描的意思是 高斯按照你设置的变量 每隔一个角度或者长度算一次能量然后把它们画成一张图。你可以看到能量随着你扫描的变量变化的曲线 这个曲线出现的低点就是可能存在的稳定结构 。你把所有可能的稳定结构都做 ...

版主,我做的势能扫描如图片,可以直接认为红圈所标注的点就是稳定结构吗?非常感谢
分子结构优化之前如何扫描


分子结构优化之前如何扫描-1
44.gif

8楼2020-07-24 17:10:18
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查看全部 9 个回答

天天进步啊

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangyue5678: 金币+15, 有帮助, 有用 2020-07-21 22:41:38
在gjf文件里用内坐标,不要用直角坐标,然后用关键词opt=modredundant,末尾加上二面角的扫描范围
分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2020-07-21 20:53:55
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangyue5678: 金币+35, ★★★很有帮助 2020-07-21 22:43:11
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节  https://muchong.com/t-14242735-1,具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。
分子结构优化之前如何扫描-2
QQ截图20200721091154.png

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2020-07-21 21:16:31
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yangyue5678

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 21:16:31
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节  https://muchong.com/t-14242735-1,具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。

QQ截图20200721091154.png
...

你好,请问扫描的目的是什么,扫描完之后需要做什么呢?
4楼2020-07-21 22:42:59
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