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yangyue5678

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子结构优化之前如何扫描 已有2人参与

求助各位大神，我做了个分子结构优化，有条审稿意见是
The studied molecule can present several minina, a scan on the dihedral angle 4-3-10-15 is necessary before proceeding to the other calculations.
请问这个scan要怎么做呢？谢谢大家
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1楼 2020-07-21 18:54:37
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yangyue5678 at 2020-07-22 08:50:01
版主的回复对我帮助很大，非常感谢，现在迷惑的是我用B3LYP/6-311G扫描势能在-1992左右，而用b3lyp/lanl2dz扫描的势能在-656左右，基组不同，势能会差异这么大吗？...

一个是全电子基组 一个是赝势基组  比较绝对的能量一定是差很多的。而且一般元素周期表前三行的元素不使用赝势基组比如 lanl2dz。 而从第四周期开始的元素 则不使用6-311G系列。如果你的分子中轻重原子都有 那就应该对不同原子使用不同的基组，也就是混合基组。
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7楼2020-07-22 23:56:27
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天天进步啊

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yangyue5678: 金币+15, ★有帮助, 有用 2020-07-21 22:41:38
在gjf文件里用内坐标，不要用直角坐标，然后用关键词opt=modredundant，末尾加上二面角的扫描范围
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2020-07-21 20:53:55
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yangyue5678: 金币+35, ★★★很有帮助 2020-07-21 22:43:11
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节  https://muchong.com/t-14242735-1，具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。
分子结构优化之前如何扫描
QQ截图20200721091154.png
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yangyue5678
3楼2020-07-21 21:16:31
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yangyue5678

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2020-07-21 21:16:31
具体方法可以看我这个教程的1.10.3节  https://muchong.com/t-14242735-1，具体如截图。

同时这个帖子的附件6就是一个如何用GaussView设置柔性扫描的动图。

QQ截图20200721091154.png
...

你好，请问扫描的目的是什么，扫描完之后需要做什么呢？
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4楼2020-07-21 22:42:59
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