| 查看: 1170 | 回复: 2 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者fengrui826将赠送您 20 个金币 | ||
fengrui826新虫 (小有名气)
|
[求助]
sander读取NetCDF格式rst文件失败
|
|
|
各位老师好！求助前辈们一个问题：我用amber18进行动力学模拟时，用sander做了能量最小化，然后用最小化的重开始文件(.rst)作为升温系统的输入文件，然后out文件报错："getting box info from netcdf restart file"。把.rst换用未能量最小化的inpcrd文件就可以正常运行命令，把.rst换成.nc，.rst7仍报错。请问这个问题是什么原因呢？ 我的min.in文件如下： &cntrl imin=1,maxcyc=2000,ncyc=1000, cut=10, ntx=1, ntpr=100, ntc=2,ntf=2, igb=2,saltcon=0.1, ntr=1, restraint_wt=0.5, restraintmask=':1-190', / 我的heat.in文件如下： &cntrl imin=0, ntx=1, irest=0, nstlim=2500, dt=0.002, ntc=2, ntf=2, ntt=3, gamma_ln=2.0, tempi=0.0, temp0=50.0, ntpr=500, ntwx=500, ntb=1, saltcon=0.1, / min计算得到的rst文件也能生成PDB文件，但是rst文件在作为升温的输入文件时总是过不去。求助前辈们，请问是什么原因呢？谢谢您能帮忙解答。 |
回复此楼» 猜你喜欢
08工学调剂
已经有17人回复
-
340求调剂
已经有4人回复
-
311求调剂
已经有3人回复
-
0805 316求调剂
已经有5人回复
-
食品专硕 一志愿双一流 328
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有6人回复
-
300分，材料，求调剂，英一数二
已经有5人回复
-
求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分
已经有5人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有13人回复
-
材料与化工考研调剂
已经有7人回复
fengrui826
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 693.5
- 散金: 99
- 红花: 3
- 帖子: 198
- 在线: 69.9小时
- 虫号: 3743144
- 注册: 2015-03-16
- 专业: 植物化学保护
2楼2020-07-16 14:50:02
3楼2022-11-18 20:41:59
