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fengrui826新虫 (小有名气)
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[求助]
sander读取NetCDF格式rst文件失败
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各位老师好！求助前辈们一个问题：我用amber18进行动力学模拟时，用sander做了能量最小化，然后用最小化的重开始文件(.rst)作为升温系统的输入文件，然后out文件报错："getting box info from netcdf restart file"。把.rst换用未能量最小化的inpcrd文件就可以正常运行命令，把.rst换成.nc，.rst7仍报错。请问这个问题是什么原因呢？ 我的min.in文件如下： &cntrl imin=1,maxcyc=2000,ncyc=1000, cut=10, ntx=1, ntpr=100, ntc=2,ntf=2, igb=2,saltcon=0.1, ntr=1, restraint_wt=0.5, restraintmask=':1-190', / 我的heat.in文件如下： &cntrl imin=0, ntx=1, irest=0, nstlim=2500, dt=0.002, ntc=2, ntf=2, ntt=3, gamma_ln=2.0, tempi=0.0, temp0=50.0, ntpr=500, ntwx=500, ntb=1, saltcon=0.1, / min计算得到的rst文件也能生成PDB文件，但是rst文件在作为升温的输入文件时总是过不去。求助前辈们，请问是什么原因呢？谢谢您能帮忙解答。 |
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fengrui826
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