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铁虫 (小有名气)

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[交流] GEO数据库转录组测序数据分析

geo数据库转录组测序数据分析
                                                                                 --生信自学网
      很多学员在做geo数据分析的时候，经常会遇到这样的问题：探针的矩阵不知道从哪里下载，下载的matrix里面只有样品的信息，而没有探针或者基因的表达数据；或者找不到平台文件，不知道如何进行id的转换。有可能是我们搜索数据的时候，搜索到了转录组测序数据，而不是芯片数据。那么，如果我们想分析geo数据库转录组数据，又该如何分析呢？这就是我们这个课程的内容。这个课程讲解四种不同转录组数据的下载和整理，同时对不同作者上传的数据，使用不同的方法做了差异分析。
      课程内容包括：geo转录组测序数据分析简介，软件准备，数据检索和下载，矩阵数据整理，单个样品文件数据整理，ensembl数据整理，基因id数据整理，原始count差异过滤(fdr过滤)，原始count差异分析(pvalue过滤)，normalize数据差异分析(fdr过滤)，normalize数据差异分析(pvalue过滤)，id转换，go富集分析，kegg富集分析，蛋白互作网络，网络核心基因。

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