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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？
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科尔夫斯基

新虫 (初入文坛)

[交流] 想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？ 已有4人参与

想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？
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1楼 2020-06-15 14:16:09
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欧易 李炼

新虫 (小有名气)
★
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3-5个，看是动物样本还是临床样本。

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2楼2020-06-17 00:52:42
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fgh1124

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有什么规定，看问题，比如研究对象就是某个细胞系，这种最多送两个重复，甚至没有重复也可以。再比如研究的是某个疾病，采用不同病人的样品，那么你可能需要送好多个病人样品，从中找到一致趋势。
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3楼2020-06-19 09:04:21
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hulqi

金虫 (正式写手)
★
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曾经有一篇文章讨论过这个问题，主要观点如下，
二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到，基因表达的异质性不仅仅是由技术误差导致的。基因表达是一个相对随机的过程，同一类型样本中的不同个体，基因的表达可能会不一样。一般来说，基因表达的异质性（Var(Expr)）可以被分解为以下三个部分：




Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。



Across Group Variability即由于不同的处理或不同的细胞类型等导致的表达水平差异，即通常所说的组间差异。例如，肿瘤样本与正常样本之间的表达差异。



Measurement Error指实验或测序过程中的技术误差。技术误差会导致一定的基因表达异质性，但其可以通过对同一样本进行多次实验/测序（即技术重复）来消除。



Biological Variability指同一分组的不同样本之间的表达差异。即使排除掉Measurement Error，这种样本间的表达差异也是存在的，即无法通过测序来消除Biological Variability。



在实验设计中，如果关注的是组间差异（Across Group Variability），那么Measurement Error和Biological Variability就会成为影响分析结果的因素。



Measurement Error可以通过技术重复来消除，但是Biological Variability为何不能通过测序来消除。因此只要你关注组间差异，不论是哪种测序数据都需要重复样本。具体关于甲基化的数据，你可以去检索一下易基因的公众号，他们专门做甲基化的，我记得里面有专门的文章解读了需不需要重复的问题

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4楼2020-06-28 12:31:02
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zhuchun0102

至尊木虫 (职业作家)
★
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请问如果实验组和对照组都是临床样本的混样，设置两个技术重复可行吗？

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5楼2020-07-07 12:18:00
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zhuchun0102

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hulqi at 2020-06-28 12:31:02
曾经有一篇文章讨论过这个问题，主要观点如下，
二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到，基因表达的异质性不仅仅是由技术误差导致的。基因表达是一个相 ...

能把文章分享一下吗？请问如果是混样，设置两个技术重复可以吗？

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6楼2020-07-07 12:19:31
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