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科尔夫斯基

新虫 (初入文坛)

[交流] 想问一下老师:甲基化测序是否需要设置生物学重复?一般多少个合适呢? 已有4人参与

想问一下老师:甲基化测序是否需要设置生物学重复?一般多少个合适呢?
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欧易 李炼

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
3-5个,看是动物样本还是临床样本。

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2楼2020-06-17 00:52:42
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fgh1124

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
没有什么规定,看问题,比如研究对象就是某个细胞系,这种最多送两个重复,甚至没有重复也可以。再比如研究的是某个疾病,采用不同病人的样品,那么你可能需要送好多个病人样品,从中找到一致趋势。
3楼2020-06-19 09:04:21
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hulqi

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
曾经有一篇文章讨论过这个问题,主要观点如下,
二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到,基因表达的异质性不仅仅是由技术误差导致的。基因表达是一个相对随机的过程,同一类型样本中的不同个体,基因的表达可能会不一样。一般来说,基因表达的异质性(Var(Expr))可以被分解为以下三个部分:




Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。



Across Group Variability即由于不同的处理或不同的细胞类型等导致的表达水平差异,即通常所说的组间差异。例如,肿瘤样本与正常样本之间的表达差异。



Measurement Error指实验或测序过程中的技术误差。技术误差会导致一定的基因表达异质性,但其可以通过对同一样本进行多次实验/测序(即技术重复)来消除。



Biological Variability指同一分组的不同样本之间的表达差异。即使排除掉Measurement Error,这种样本间的表达差异也是存在的,即无法通过测序来消除Biological Variability。



在实验设计中,如果关注的是组间差异(Across Group Variability),那么Measurement Error和Biological Variability就会成为影响分析结果的因素。



Measurement Error可以通过技术重复来消除,但是Biological Variability为何不能通过测序来消除。因此只要你关注组间差异,不论是哪种测序数据都需要重复样本。具体关于甲基化的数据,你可以去检索一下易基因的公众号,他们专门做甲基化的,我记得里面有专门的文章解读了需不需要重复的问题

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4楼2020-06-28 12:31:02
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zhuchun0102

至尊木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问如果实验组和对照组都是临床样本的混样,设置两个技术重复可行吗?

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5楼2020-07-07 12:18:00
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zhuchun0102

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hulqi at 2020-06-28 12:31:02
曾经有一篇文章讨论过这个问题,主要观点如下,
二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到,基因表达的异质性不仅仅是由技术误差导致的。基因表达是一个相 ...

能把文章分享一下吗?请问如果是混样,设置两个技术重复可以吗?

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6楼2020-07-07 12:19:31
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