| 查看: 1381 | 回复: 5 | |||
[交流]
想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？ 已有4人参与
|
| 想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
广西民族大学化学化工学院化学工程与技术学硕，材料化工专硕调剂名额充足！
已经有0人回复
-
透明质酸酶的作用机制：如何实现药物递送
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有215人回复
-
爱思维尔旗下LWT投稿
已经有9人回复
-
替拉扎明为缺氧选择性细胞毒药物研究提供新思路
已经有0人回复
-
拉坦前列腺素(Latanoprost)：前列腺素F2α衍生物如何成为青光眼一线用药
已经有0人回复
-
卟啉家族中的明星分子：MESO-四(3,5-二溴-4-羟基苯基)卟啉的性质与制备
已经有1人回复
-
宠物寄生虫防治：氟雷拉纳阻断GABA受体，持效12周驱杀跳蚤蜱虫
已经有0人回复
-
为呼吸打开通道：依伐卡托的科学之旅
已经有1人回复
-
Dordaviprone（ONC201）：小分子药物在中线胶质瘤中的应用
已经有0人回复
-
依喜替康：新型喜树碱衍生物的研究进展
已经有1人回复
2楼2020-06-17 00:52:42
3楼2020-06-19 09:04:21
hulqi
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1144.2
- 散金: 106
- 红花: 4
- 帖子: 361
- 在线: 56小时
- 虫号: 568420
- 注册: 2008-06-03
- 专业: 微生物资源与分类学
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
曾经有一篇文章讨论过这个问题，主要观点如下， 二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到，基因表达的异质性不仅仅是由技术误差导致的。基因表达是一个相对随机的过程，同一类型样本中的不同个体，基因的表达可能会不一样。一般来说，基因表达的异质性（Var(Expr)）可以被分解为以下三个部分： Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。 Across Group Variability即由于不同的处理或不同的细胞类型等导致的表达水平差异，即通常所说的组间差异。例如，肿瘤样本与正常样本之间的表达差异。 Measurement Error指实验或测序过程中的技术误差。技术误差会导致一定的基因表达异质性，但其可以通过对同一样本进行多次实验/测序（即技术重复）来消除。 Biological Variability指同一分组的不同样本之间的表达差异。即使排除掉Measurement Error，这种样本间的表达差异也是存在的，即无法通过测序来消除Biological Variability。 在实验设计中，如果关注的是组间差异（Across Group Variability），那么Measurement Error和Biological Variability就会成为影响分析结果的因素。 Measurement Error可以通过技术重复来消除，但是Biological Variability为何不能通过测序来消除。因此只要你关注组间差异，不论是哪种测序数据都需要重复样本。具体关于甲基化的数据，你可以去检索一下易基因的公众号，他们专门做甲基化的，我记得里面有专门的文章解读了需不需要重复的问题 发自小木虫Android客户端 |
4楼2020-06-28 12:31:02
zhuchun0102
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 19929.4
- 红花: 23
- 帖子: 3398
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 2221266
- 注册: 2013-01-04
- 专业: 临床生物化学检验
5楼2020-07-07 12:18:00
zhuchun0102
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 19929.4
- 红花: 23
- 帖子: 3398
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 2221266
- 注册: 2013-01-04
- 专业: 临床生物化学检验
6楼2020-07-07 12:19:31
