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想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？已有4人参与
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| 想问一下老师：甲基化测序是否需要设置生物学重复？一般多少个合适呢？ |
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2楼2020-06-17 00:52:42
3楼2020-06-19 09:04:21
hulqi
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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曾经有一篇文章讨论过这个问题，主要观点如下， 二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到，基因表达的异质性不仅仅是由技术误差导致的。基因表达是一个相对随机的过程，同一类型样本中的不同个体，基因的表达可能会不一样。一般来说，基因表达的异质性（Var(Expr)）可以被分解为以下三个部分： Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。 Across Group Variability即由于不同的处理或不同的细胞类型等导致的表达水平差异，即通常所说的组间差异。例如，肿瘤样本与正常样本之间的表达差异。 Measurement Error指实验或测序过程中的技术误差。技术误差会导致一定的基因表达异质性，但其可以通过对同一样本进行多次实验/测序（即技术重复）来消除。 Biological Variability指同一分组的不同样本之间的表达差异。即使排除掉Measurement Error，这种样本间的表达差异也是存在的，即无法通过测序来消除Biological Variability。 在实验设计中，如果关注的是组间差异（Across Group Variability），那么Measurement Error和Biological Variability就会成为影响分析结果的因素。 Measurement Error可以通过技术重复来消除，但是Biological Variability为何不能通过测序来消除。因此只要你关注组间差异，不论是哪种测序数据都需要重复样本。具体关于甲基化的数据，你可以去检索一下易基因的公众号，他们专门做甲基化的，我记得里面有专门的文章解读了需不需要重复的问题 发自小木虫Android客户端 |
4楼2020-06-28 12:31:02
zhuchun0102
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5楼2020-07-07 12:18:00
zhuchun0102
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6楼2020-07-07 12:19:31