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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:58
引用回帖:
Originally posted by allenjobsf853 at 2009-7-10 17:39:
那再请教下,如果一个原子的atom type一样的话,

那是不是这两个原子是可以完全互换的,也就是说比如partial charge,原子直径 之类的性质是相同的?

原子直径表现为vdW 参数,这个可以互换,
但电荷不能互换
11楼2009-07-10 18:54:14
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

为什么电荷不能互换啊? 如果是相同的atom type 那说明这两个原子应该是完全相同的吧?

不明白啊 ,能否再解释一下啊!!
12楼2009-07-10 19:03:05
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 19:35
举个charmm的例子吧
cys (R=-CH2SH)和ser (R=-CH2OH) 的beta C 的类型同为CT2
cys 中的电荷为-0.11,而在ser 中为0.05

[ Last edited by bay__gulf on 2009-7-10 at 19:23 ]
13楼2009-07-10 19:22:03
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老虎大王

木虫 (著名写手)

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lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 7-11 10:42
Atom Type是原子类型。一般是由势函数参数来区别的。
对于同一个模拟中的同一种元素,可以定义为不同的原子类型。比如我胡乱举个例子,Al在NiAl合金的表面,这里,纯Al的Al与NiAl合金中的Al,可以定义成不同的Atom Type,也就是说,可以有不同的势参数。但是,如果你的势函数的通用性比较好,这两种Al原子也可以定义成相同的Atom Type,亦即也可以有相同的势参数。这依赖于你的势函数的构建方法。

有时候,即使势参数相同,也可以把同一个元素指定成不同的Atom type。我再举个例子。比如你模拟体系中有FCC的Al,出于某种原因(比如出于某种目的便于统计分析),你可以把面心的Al和顶角的Al定义成不同的Atom type,而它们的势参数可以是完全相同的。

以上是合金系的例子。对于金属,通常同一种金属在不同的合金中的势参数是不同的(但也有相同的情况)。对于分子体系,现在有一些通用的势函数库,同样的元素在不同的分子中常常有相同的势参数(但如楼上所说,有时候电荷是不同的),当然这也不是绝对,也有同样的元素在不同分子中使用不同势参数的情况。

总之,现在看出来,Atom Type只是模拟程序中区分原子的一个标识罢了,它只与你的模拟方法和目的有关,它与元素符号并不一定要存在一对一的关系,它与势函数也并不是一定要存在一对一的关系。所谓运用之妙,存乎一心。如何定义Atom type,要看你势函数的选择,和你的模拟方法和计算目的,此外还要看你的程序允不允许你按自己的设想来定义Atom type.

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-7-11 at 10:18 ]
14楼2009-07-11 10:17:05
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

虎兄精妙啊 呵呵
15楼2009-07-11 10:43:28
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

解释的太明白了 ,非常感谢!!!!!
16楼2009-07-12 18:12:55
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