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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】请问MD中的atom type是什么？
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:58
引用回帖:
Originally posted by allenjobsf853 at 2009-7-10 17:39:
那再请教下，如果一个原子的atom type一样的话，

那是不是这两个原子是可以完全互换的，也就是说比如partial charge，原子直径 之类的性质是相同的？

原子直径表现为vdW 参数，这个可以互换，
但电荷不能互换
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11楼2009-07-10 18:54:14
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
为什么电荷不能互换啊？ 如果是相同的atom type 那说明这两个原子应该是完全相同的吧？

不明白啊 ，能否再解释一下啊！！
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12楼2009-07-10 19:03:05
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 19:35
举个charmm的例子吧
cys (R=-CH2SH)和ser (R=-CH2OH) 的beta C 的类型同为CT2
cys 中的电荷为-0.11，而在ser 中为0.05

[ Last edited by bay__gulf on 2009-7-10 at 19:23 ]
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13楼2009-07-10 19:22:03
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 7-11 10:42
Atom Type是原子类型。一般是由势函数参数来区别的。
对于同一个模拟中的同一种元素，可以定义为不同的原子类型。比如我胡乱举个例子，Al在NiAl合金的表面，这里，纯Al的Al与NiAl合金中的Al，可以定义成不同的Atom Type，也就是说，可以有不同的势参数。但是，如果你的势函数的通用性比较好，这两种Al原子也可以定义成相同的Atom Type，亦即也可以有相同的势参数。这依赖于你的势函数的构建方法。

有时候，即使势参数相同，也可以把同一个元素指定成不同的Atom type。我再举个例子。比如你模拟体系中有FCC的Al，出于某种原因（比如出于某种目的便于统计分析），你可以把面心的Al和顶角的Al定义成不同的Atom type，而它们的势参数可以是完全相同的。

以上是合金系的例子。对于金属，通常同一种金属在不同的合金中的势参数是不同的（但也有相同的情况）。对于分子体系，现在有一些通用的势函数库，同样的元素在不同的分子中常常有相同的势参数（但如楼上所说，有时候电荷是不同的），当然这也不是绝对，也有同样的元素在不同分子中使用不同势参数的情况。

总之，现在看出来，Atom Type只是模拟程序中区分原子的一个标识罢了，它只与你的模拟方法和目的有关，它与元素符号并不一定要存在一对一的关系，它与势函数也并不是一定要存在一对一的关系。所谓运用之妙，存乎一心。如何定义Atom type，要看你势函数的选择，和你的模拟方法和计算目的，此外还要看你的程序允不允许你按自己的设想来定义Atom type.

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-7-11 at 10:18 ]
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14楼2009-07-11 10:17:05
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
虎兄精妙啊 呵呵
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15楼2009-07-11 10:43:28
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
解释的太明白了 ，非常感谢！！！！！
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16楼2009-07-12 18:12:55
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