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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】请问MD中的atom type是什么？
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问MD中的atom type是什么？

RT

做MD模拟的时候会根据力场，将不同的原子给不同的atom type
不知道我说的对否


而且我对atom type的作用不是很理解，希望明白的同仁给与指点，谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:21 ]
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1楼 2009-07-10 16:37:07
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
allenjobsf853(金币+1,VIP+0): 7-10 17:40
太好理解了 对Au Ag就得用不同的类型来表示吧
比如用1表示金 2表示银
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2楼2009-07-10 16:42:23
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
allenjobsf853(金币+2,VIP+0): 7-10 17:40
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-10 18:44
呵呵！　
　　这个　原子种类　只是对不同的原子　或　相同元素但处在不同环境中的原子　进行区别！
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2009-07-10 17:28:30
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★
allenjobsf853(金币+2,VIP+0):xx 7-10 17:40
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:44
3楼有理，如C原子，在MD中就分为sp3、sp2、sp的C。氧原子有分子氧、醚氧、酯氧、羧基氧、羟基氧等不同类型。
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4楼2009-07-10 17:34:43
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
那再请教下，如果一个原子的atom type一样的话，

那是不是这两个原子是可以完全互换的，也就是说比如partial charge，原子直径 之类的性质是相同的？
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5楼2009-07-10 17:39:36
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
各位说的都很好，我也明白了，金币先发下去了 有问题继续请教。先帮忙回复一下5L的问题吧 谢谢
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6楼2009-07-10 17:41:48
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-10 18:45
应该是的！　
　　　只要你确定用同样的原子种类！ 所用的参数都是可以互换的！　
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
7楼2009-07-10 17:44:16
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
还有个问题就是关于力场的，

是不是不同力场会根据自己的算法将模拟系统中的原子定义成不同的atom type？

也就是说，不同力场的相同分子中的相同位置的原子，经过不同力场处理，比如COMPASS 和pcff处理，原子之间没有相通性？

[ Last edited by allenjobsf853 on 2009-7-10 at 17:55 ]
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8楼2009-07-10 17:53:43
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:45
不同力场之间互换？？
　　原子类型，只是个名字而已！
　
　　不同的力场用不同的　力场函数，　通过修改参数拟和量化的计算结果和别的一些物化性质。
　　力场都有适用范围，

　　关于互换参数！　　以我的理解，我觉得不行！
    当然你最好问问， 你那个领域内的牛人们怎么说！
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2009-07-10 17:59:34
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
恩 了解一些了 非常感谢！
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10楼2009-07-10 18:01:23
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