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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问MD中的atom type是什么?

RT

做MD模拟的时候会根据力场,将不同的原子给不同的atom type
不知道我说的对否


而且我对atom type的作用不是很理解,希望明白的同仁给与指点,谢谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:21 ]
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bay__gulf

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刘苏州

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:58
引用回帖:
Originally posted by allenjobsf853 at 2009-7-10 17:39:
那再请教下,如果一个原子的atom type一样的话,

那是不是这两个原子是可以完全互换的,也就是说比如partial charge,原子直径 之类的性质是相同的?

原子直径表现为vdW 参数,这个可以互换,
但电荷不能互换
11楼2009-07-10 18:54:14
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 19:35
举个charmm的例子吧
cys (R=-CH2SH)和ser (R=-CH2OH) 的beta C 的类型同为CT2
cys 中的电荷为-0.11,而在ser 中为0.05

[ Last edited by bay__gulf on 2009-7-10 at 19:23 ]
13楼2009-07-10 19:22:03
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