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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】请问MD中的atom type是什么？

RT

做MD模拟的时候会根据力场，将不同的原子给不同的atom type
不知道我说的对否

而且我对atom type的作用不是很理解，希望明白的同仁给与指点，谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:21 ]

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1楼2009-07-10 16:37:07

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老虎大王

木虫 (著名写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 7-11 10:42

Atom Type是原子类型。一般是由势函数参数来区别的。
对于同一个模拟中的同一种元素，可以定义为不同的原子类型。比如我胡乱举个例子，Al在NiAl合金的表面，这里，纯Al的Al与NiAl合金中的Al，可以定义成不同的Atom Type，也就是说，可以有不同的势参数。但是，如果你的势函数的通用性比较好，这两种Al原子也可以定义成相同的Atom Type，亦即也可以有相同的势参数。这依赖于你的势函数的构建方法。

有时候，即使势参数相同，也可以把同一个元素指定成不同的Atom type。我再举个例子。比如你模拟体系中有FCC的Al，出于某种原因（比如出于某种目的便于统计分析），你可以把面心的Al和顶角的Al定义成不同的Atom type，而它们的势参数可以是完全相同的。

以上是合金系的例子。对于金属，通常同一种金属在不同的合金中的势参数是不同的（但也有相同的情况）。对于分子体系，现在有一些通用的势函数库，同样的元素在不同的分子中常常有相同的势参数（但如楼上所说，有时候电荷是不同的），当然这也不是绝对，也有同样的元素在不同分子中使用不同势参数的情况。

总之，现在看出来，Atom Type只是模拟程序中区分原子的一个标识罢了，它只与你的模拟方法和目的有关，它与元素符号并不一定要存在一对一的关系，它与势函数也并不是一定要存在一对一的关系。所谓运用之妙，存乎一心。如何定义Atom type，要看你势函数的选择，和你的模拟方法和计算目的，此外还要看你的程序允不允许你按自己的设想来定义Atom type.

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-7-11 at 10:18 ]