| 查看: 511 | 回复: 3 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
bbslover金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】原子类型问题！
|
||
|
我用chem3d保存的mol2 文件格式，拷贝到sybyl里面，原子类型出错了，想问一下如何知道原子类型出错了呢，要想知道正确的原子类型，应该具备哪些知识呢？恳请各位相助！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:11 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
考博求助
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有9人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有10人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有7人回复
bbslover
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 5897.8
- 散金: 191
- 红花: 3
- 帖子: 540
- 在线: 145.7小时
- 虫号: 508292
- 注册: 2008-02-20
- 性别: GG
- 专业: 化学信息学
4楼2009-07-15 19:57:50
_steven
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3911.2
- 红花: 6
- 帖子: 334
- 在线: 54小时
- 虫号: 285037
- 注册: 2006-10-14
- 性别: GG
- 专业: 化学信息学
2楼2009-07-13 21:59:15
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+3,VIP+0):谢谢交流！ 7-16 00:00
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+3,VIP+0):谢谢交流！ 7-16 00:00
|
楼上说的不错，我最近正好也碰到这样的问题。 我也是在SYBYL里面打开原子类型出错的MOL2文件，然后标记出所有原子类型，大部分错误就显而易见了。比如有的N原子连了四根键，有的C原子连了五根键等等，你只要手动修改出错的原子类型，再调整单双键的位置就可以了。还有些3D结构很乱的情况，多半出现在芳香环较多的分子里。这时我就把混乱的结构都删掉，然后重新手工画，比如说苯环之类的结构单元，最后局部优化构象就可以了。 至于要什么知识，我倒是花了一个上午把杂化轨道理论复习了一遍；再就是SYBYL里面的有些操作要熟练。 |
3楼2009-07-14 11:05:28
