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bbslover

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[交流] 【求助】原子类型问题！

我用chem3d保存的mol2 文件格式，拷贝到sybyl里面，原子类型出错了，想问一下如何知道原子类型出错了呢，要想知道正确的原子类型，应该具备哪些知识呢？恳请各位相助！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:11 ]

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1楼 2009-07-07 21:08:55

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_steven

木虫 (正式写手)

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mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流！ 7-15 23:59

看看Sybyl的mol2原子类型的说明。或者在Sybyl中画出该结构，然后lable原子类型。

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2楼2009-07-13 21:59:15

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cqtx

铁虫 (初入文坛)

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楼上说的不错，我最近正好也碰到这样的问题。
我也是在SYBYL里面打开原子类型出错的MOL2文件，然后标记出所有原子类型，大部分错误就显而易见了。比如有的N原子连了四根键，有的C原子连了五根键等等，你只要手动修改出错的原子类型，再调整单双键的位置就可以了。还有些3D结构很乱的情况，多半出现在芳香环较多的分子里。这时我就把混乱的结构都删掉，然后重新手工画，比如说苯环之类的结构单元，最后局部优化构象就可以了。
至于要什么知识，我倒是花了一个上午把杂化轨道理论复习了一遍；再就是SYBYL里面的有些操作要熟练。

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3楼2009-07-14 11:05:28

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bbslover

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感谢大家的答复，谢谢！

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4楼2009-07-15 19:57:50

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