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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何找到最稳定的分子构型
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yhl213

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何找到最稳定的分子构型

在对一个分子构型进行优化时，加入iop（1/8=1）是不是每步优化时的步长都是0.01波尔半径呢？还有人说要使优化的每步的步长值都为固定值，除了要加iop（1/8=1）外，还要加上opt（notrustupdate），哪位大侠知道是哪一种呢？
这样优化是不是更容易得到如何找到最稳定的分子构型呢？
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1楼 2009-07-07 10:54:03
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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yuhuobuku(金币+4,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 13:58
yhl213(金币+5,VIP+0): 7-8 14:10
寻找最稳定结构的重点不在于优化时的设置，而在于建立模型时初始结构的合理性。如果这个初始结构不合理，什么设置都是白说。对于一个体系，可能存在的能量谷值有很多，它们之间也可能有较高的能垒，就象你爬到一个山顶，一眼望去，有很多山谷，哪个才是你要的最深的山谷？随便找一个下去看看？掉进去也许就很难再出来了。最可能的方法就是你所站的位置下方就是你要去的山谷，或者你就站在通往这山谷的斜坡上，稍一挪动位置自己就滚了下去，这最省事。
至于优化设置，是指当这个山谷太平坦，最低点不太好找时才需要。
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2楼2009-07-07 11:18:13
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yhl213

金虫 (小有名气)
那这样，怎么才能确定找到的结构是最稳定的结构呢？
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3楼2009-07-08 14:36:43
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:42
一般的判据是作频率分析，看有无虚频存在。
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4楼2009-07-08 14:52:00
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:42
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-8 14:52:
一般的判据是作频率分析，看有无虚频存在。

象图1这样高对称性的体系，最稳定构型很容易确定，可以采用各种限制条件使体系达到收敛。
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5楼2009-07-08 15:02:39
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:43
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Originally posted by yytsnake at 2009-7-8 14:52:
一般的判据是作频率分析，看有无虚频存在。

象图2这样的树枝状体系，要找那个最低点就难了，一般只能靠分子动力学来找相对能量较低的构型了。

[ Last edited by yytsnake on 2009-7-8 at 15:07 ]
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6楼2009-07-08 15:05:04
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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Originally posted by yytsnake at 2009-7-8 15:02:
象图1这样高对称性的体系，最稳定构型很容易确定，可以采用各种限制条件使体系达到收敛。

版权……
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7楼2009-07-08 16:18:26
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:43
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-8 15:05:
象图2这样的树枝状体系，要找那个最低点就难了，一般只能靠分子动力学来找相对能量较低的构型了。
[ Last edited by yytsnake on 2009-7-8 at 15:07 ]

给yytsnake大侠补充一点：这个分子的最低能态其实毫无意义
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8楼2009-07-08 16:19:20
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zzhenry

铁虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-7-8 15:05:

象图2这样的树枝状体系，要找那个最低点就难了，一般只能靠分子动力学来找相对能量较低的构型了。

[ Last edited by yytsnake on 2009-7-8 at 15:07 ]

这个分子动力学，gaussian能做么？
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9楼2009-07-08 16:25:09
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:43
引用回帖:
Originally posted by zzhenry at 2009-7-8 16:25:
这个分子动力学，gaussian能做么？

能。gaussian提供了amber、dreiding和uff三种力场，你喜欢哪一种？
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10楼2009-07-08 17:20:33
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