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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】structure factor S(q)的问题 已有2人参与

看好多文献上都有structure factor 这个量的分析,但是一直不知道是怎么做出来的,定义也都不一样。看书上好像是对g(r)积分然后再乘上密度啥的。
这个量gmx或者namd有现成的程序可以做吗?或者是要自己做福利叶变换?
还有个问题,这个量是对于某种分子来说的呢,还是对于整个体系呢?我看有的图是分析一种的,还有的图也没指明。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:22 ]
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suny2005

木虫 (小有名气)

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-6 11:50
gromacs中有g_rdf -sq
应该既能分析整个体系,又能分析局部
2楼2009-07-05 18:08:09
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海边看日出

金虫 (小有名气)

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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-6 11:50
结构因子(structure factor)是表征材料对射线的散射能力,包括了原子序数,散射方向和原子位置的影响等等,反映了材料结构的平均信息。实验中可以获得结构因子,通过傅立叶变换获得径向分布函数(RDF)。分子模拟则相反,先获得RDF,再通过变换获得结构因子。

不知道你说的对某个分子是什么意思,是不是指偏径向分布函数(partial RDF)?模拟很容易计算。实验就比较麻烦,得看你的成分。比如说合金(两种元素),就得三组不同实验(X-ray,中子和电子),然后才能计算partial RDF。

就知道这么多了,不对的地方欢迎讨论。

[ Last edited by 海边看日出 on 2009-7-6 at 11:46 ]
3楼2009-07-06 11:45:22
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 海边看日出 at 2009-7-6 11:45:
结构因子(structure factor)是表征材料对射线的散射能力,包括了原子序数,散射方向和原子位置的影响等等,反映了材料结构的平均信息。实验中可以获得结构因子,通过傅立叶变换获得径向分布函数(RDF)。分子模 ...

这个东东。。。RDF是原子之间或者分子质心之间的性质吧。。。那S。。。
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4楼2009-07-07 00:36:21
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yipan01

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 海边看日出 at 2009-07-06 11:45:22:
结构因子(structure factor)是表征材料对射线的散射能力,包括了原子序数,散射方向和原子位置的影响等等,反映了材料结构的平均信息。实验中可以获得结构因子,通过傅立叶变换获得径向分布函数(RDF)。分子模 ...

赞,学习了
5楼2010-11-17 18:57:58
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Micah_autum

铁虫 (职业作家)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by 海边看日出 at 2009-07-06 11:45:22
结构因子(structure factor)是表征材料对射线的散射能力,包括了原子序数,散射方向和原子位置的影响等等,反映了材料结构的平均信息。实验中可以获得结构因子,通过傅立叶变换获得径向分布函数(RDF)。分子模拟 ...

您好,想向您请教关于模拟中的结构因子问题。
模拟文献经常出现结构因子分析,也就是RDF傅里叶转换后的曲线图中,特征峰对应的横坐标位置常常表现为一个一定尺寸大小的周期性团簇,(比如 a broad peak around 1.5A-1 at 5 wt% swollen menbrane corresponds to the 3-5 A periodicity of sulfonic acids. )这个尺寸(3-5 A)是如何计算出来的呢? 有特定公式表征么?
谢谢!
6楼2017-07-25 09:23:50
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