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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】力场文件问题
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mshappy5888

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】力场文件问题

ffamber99sbbon.itp文件里的
[ bondtypes ]
; i    j  func       b0          kb
  C  C          1     0.1525   259408.0 ; new99
  C  OS         1     0.1323   376560.0 ; new99
中bo  kb  func 分别代表什么意思  ？
[ angletypes ]
;  i    j    k  func       th0       cth
HW  OW  HW           1   104.520    836.800 ; TIP3P water
HW  HW  OW           1   127.740      0.000 ; (found in crystallographic water with 3 bonds)
C   C   O            1   120.000    669.440 ; new99
C   C   OH           1   120.000    669.440 ; new99
中th0 cth分别代表什么？
在gromacs自带的力场力例如ffG43a1里 ffG43a1bon.itp文件里
    ICB(H)[N]    CB[N] B0[N]
;
#define gb_1        0.1000  1.5700e+07
; H  -  OA      750     
  ICB(H)[N]    CB[N] B0[N]代表什么意思？  750代表什么  怎么得出来的？
还有这2个文件中的参数有什么对应关系么？
由于本人对力场里的这些文件不太明白，还请明白人给详细讲解下，万分感谢！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:19 ]
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1楼 2009-07-03 10:49:36
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suny2005

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-3 21:12
th0 cth分别表示角度和力常数
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2楼2009-07-03 18:26:08
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mshappy5888

新虫 (初入文坛)
那它和ffG43a1bon.itp里的参数有什么对应关系么？ffG43a1bon.itp文件里的ICB(H)[N]    CB[N] B0[N]分别表示什么? 谢谢！！！
赞一下 回复此楼
3楼2009-07-04 08:00:54
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