应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于gromacs提交并行作业的问题。。。。。
81/1返回列表
查看: 1132  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于gromacs提交并行作业的问题。。。。。

申请了一个超级计算机中心，可是提交gromacs并行作业，总是很快的就运行完毕，没有输出文件，请大家帮忙看看哪里出错了。我运行的版本是gromacs-3.3.3
超算中心给我了一个提交作业的用法如下：

bsub -W 运行时间 -a MPI版本 -n 使用的cup数 -R "span[ptile=单个节点使用cpu数]" -q 队列名称 -o 标准输出文件 -e 错误输出文件 mpirun.lsf 运行的程序

当然我首先编了一个运行脚本md.sh,具体内容如下：
------------------------------------------------
# !/bin/sh
if [ -s md1ns-22bar-mpi.tpr ]
  then
  mpirun -np 2 mdrun_d -np 2 -v -s md1ns-22bar-mpi.tpr -o md1ns-6bar-mpi.trr -c md1ns-6bar-mpi.gro -e md1ns-6bar-mpi -g md1ns-6bar-mpi >&my.job&
  else
     echo no md.tpr found            
     exit
---------------------------------------------------
我觉得mpirun -np 2 就是设定2个节点来并行，（有人说-np是设定cpu数目的，我这里也不清楚）
然后我按照上面的命令格式提交作业，可是总是很快运行完毕，没有输出文件
bsub -W 5:0 -a intelmpi -n 16 -R "span[ptile=8]" -q x64_small -o out -e err mpirun.lsf md.sh
我这里总共用16个cpu ,每个节点上用8，所以用2个节点来并行md.sh脚本
我总感觉好像没有运行这个md.sh脚本。。。。。。。

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-13 at 13:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2009-06-30 21:13:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
没有人关注
回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-07-01 08:30:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sijifengsd

银虫 (小有名气)

Gromacs

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 7-2 17:24
我们是自己的机器算的，没有用大型的服务器。所以不知道怎么回事。
赞一下(10人) 回复此楼
似水年华
3楼2009-07-01 08:41:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Superox

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 7-7 14:08
你要确认一下服务器上安装的是否是并行版本，并行版本的命令与一般命令有所不同。
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-07-06 15:16:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annkon

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):感谢交流 8-19 09:01
mpirun -np 指定的是核数
赞一下(7人) 回复此楼
5楼2009-08-18 15:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emrecoba

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):感谢交流 8-19 09:01
楼主如果能提供一些输出信息的话可能会更方便大家找问题，很快就完了可能是没找到对应的文件，或者有什么库文件不对。
gromacs3.3.3的话在运行grompp生成tpr文件的时候就需要指定用多少个core。
赞一下(7人) 回复此楼
6楼2009-08-19 00:32:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

payne

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也想请教一下提交并行任务的问题：我提交任务的时候，计算都在主节点上运行。我想知道如何将计算任务提交到指定的节点上。提交任务是不是只能在主节点下写命令行吧。
赞一下(1人) 回复此楼
Lookingforthemeaningoflife.
7楼2009-10-03 12:11:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
还有一个问题就是您的集群是用什么软件管理的？lsf，torque，pbs等等，不同的管理软件的投任务脚本是不一样的。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2009-10-04 01:01:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tpp001 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:40 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:32 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:23 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:07 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:01 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:59 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-11 01:24 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:10 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:02 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 00:59 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:07 by Z7qfCsdIiD1T
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭