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[交流]
【求助】关于gromacs提交并行作业的问题。。。。。
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申请了一个超级计算机中心，可是提交gromacs并行作业，总是很快的就运行完毕，没有输出文件，请大家帮忙看看哪里出错了。我运行的版本是gromacs-3.3.3 超算中心给我了一个提交作业的用法如下： bsub -W 运行时间 -a MPI版本 -n 使用的cup数 -R "span[ptile=单个节点使用cpu数]" -q 队列名称 -o 标准输出文件 -e 错误输出文件 mpirun.lsf 运行的程序 当然我首先编了一个运行脚本md.sh,具体内容如下： ------------------------------------------------ # !/bin/sh if [ -s md1ns-22bar-mpi.tpr ] then mpirun -np 2 mdrun_d -np 2 -v -s md1ns-22bar-mpi.tpr -o md1ns-6bar-mpi.trr -c md1ns-6bar-mpi.gro -e md1ns-6bar-mpi -g md1ns-6bar-mpi >&my.job& else echo no md.tpr found exit --------------------------------------------------- 我觉得mpirun -np 2 就是设定2个节点来并行，（有人说-np是设定cpu数目的，我这里也不清楚） 然后我按照上面的命令格式提交作业，可是总是很快运行完毕，没有输出文件 bsub -W 5:0 -a intelmpi -n 16 -R "span[ptile=8]" -q x64_small -o out -e err mpirun.lsf md.sh 我这里总共用16个cpu ,每个节点上用8，所以用2个节点来并行md.sh脚本 我总感觉好像没有运行这个md.sh脚本。。。。。。。 [ Last edited by zdhlover on 2009-11-13 at 13:58 ] |
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