| 查看: 873 | 回复: 7 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】关于gromacs提交并行作业的问题。。。。。
|
|||
|
申请了一个超级计算机中心，可是提交gromacs并行作业，总是很快的就运行完毕，没有输出文件，请大家帮忙看看哪里出错了。我运行的版本是gromacs-3.3.3 超算中心给我了一个提交作业的用法如下： bsub -W 运行时间 -a MPI版本 -n 使用的cup数 -R "span[ptile=单个节点使用cpu数]" -q 队列名称 -o 标准输出文件 -e 错误输出文件 mpirun.lsf 运行的程序 当然我首先编了一个运行脚本md.sh,具体内容如下： ------------------------------------------------ # !/bin/sh if [ -s md1ns-22bar-mpi.tpr ] then mpirun -np 2 mdrun_d -np 2 -v -s md1ns-22bar-mpi.tpr -o md1ns-6bar-mpi.trr -c md1ns-6bar-mpi.gro -e md1ns-6bar-mpi -g md1ns-6bar-mpi >&my.job& else echo no md.tpr found exit --------------------------------------------------- 我觉得mpirun -np 2 就是设定2个节点来并行，（有人说-np是设定cpu数目的，我这里也不清楚） 然后我按照上面的命令格式提交作业，可是总是很快运行完毕，没有输出文件 bsub -W 5:0 -a intelmpi -n 16 -R "span[ptile=8]" -q x64_small -o out -e err mpirun.lsf md.sh 我这里总共用16个cpu ,每个节点上用8，所以用2个节点来并行md.sh脚本 我总感觉好像没有运行这个md.sh脚本。。。。。。。 [ Last edited by zdhlover on 2009-11-13 at 13:58 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
救命帖
已经有11人回复
-
招博士
已经有5人回复
-
青椒八年已不青，大家都被折磨成啥样了？
已经有6人回复
-
青年基金C终止
已经有3人回复
-
26申博求博导推荐-遥感图像处理方向
已经有4人回复
-
限项规定
已经有7人回复
-
西南交通大学国家级人才团队2026年博士研究生招生（考核制）—机械、材料、力学方向
已经有3人回复
-
英文综述是否需要润色及查重
已经有5人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有9人回复
payne
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3226.9
- 帖子: 83
- 在线: 70小时
- 虫号: 583820
- 注册: 2008-08-01
- 性别: GG
- 专业: 高分子组装与超分子结构
7楼2009-10-03 12:11:55
sijifengsd
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 273.7
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 94
- 在线: 12.1小时
- 虫号: 794988
- 注册: 2009-06-15
- 性别: GG
- 专业: 物理化学
3楼2009-07-01 08:41:04
4楼2009-07-06 15:16:08
5楼2009-08-18 15:42:35