24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 761  |  回复: 10
当前主题已经存档。

含草

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于VASP运行

大家好,为什么我建好四个文件之后,还有job.sh,用qsub提交之后,没有几秒钟就算好了,但是输出文件里面全是空的,请问这是怎么回事?谢谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这得问你们机器的管理员
你就没有运行vasp吧
2楼2009-06-30 09:43:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)


yjr(金币+1,VIP+0):多谢交流 6-30 21:52
请查看两个out文件,一个是qsub对应的输出文件,LSF有默认的out和err文件输出在当前计算文件夹
另外,通过查看vasp程序的out文件,也能知道是怎么一回事.
Life, Love, Laugh.
3楼2009-06-30 14:54:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lerry1234


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
是不是jod.sh脚本中没有写把结果输出到本文件夹下的OUTCAR文件?
4楼2009-06-30 18:03:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

含草

金虫 (小有名气)

其中7054.chess_254.chess.out 文件中出现以下情况,
running on    4 nodes
distr:  one band on    4 nodes,    1 groups
vasp.4.6.31 08Feb07 complex
p3_32458:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
rm_l_3_32460: (0.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p2_32453:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
rm_l_2_32459: (0.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p2_32453: (0.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p0_27916:  p4_error: interrupt SIGx: 13
p3_32458: (2.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p0_27916: (6.300781) net_send: could not write to fd=4, errno = 32
请问这是什么原因,所有的输入文件全是空的
5楼2009-06-30 21:51:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请检查: 第一,确保并行是测试通过的,第二,磁盘具有写权限,并且有足够空间.
Life, Love, Laugh.
6楼2009-06-30 22:02:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

含草

金虫 (小有名气)

谢谢,能详细说下吗,(请检查: 第一,确保并行是测试通过的,第二,磁盘具有写权限,并且有足够空间)我还是不太懂。
7楼2009-07-01 09:14:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
It appears your code has some segmentation fault. SIGSEGV is a runtime
error caused by illegal memory/data access. If any of the processes
fails in MPI_WORLD, all processes abort.
Life, Love, Laugh.
8楼2009-07-01 12:29:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)

将详细的脚边,我是说job.sh贴出来看看,估计是哪里的一个小疏忽.
Life, Love, Laugh.
9楼2009-07-01 12:29:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

含草

金虫 (小有名气)

这是我的job.sh文件
#PBS -N name
### Set the number of nodes that will be used. Ensure
### that the number "nodes" matches with the need of your job
### DO NOT MODIFY THE FOLLOWING LINE FOR SINGLE-PROCESSOR JOBS!
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -l walltime=240:00:00
#PBS -q verylong
###PBS -M zhaoyj@scut.edu.cn
#PBS -m abe
export NPROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE |gawk '//{print $1}'`
echo $NPROCS
echo The master node of this job is `hostname`
echo The working directory is `echo $PBS_O_WORKDIR`
echo The node file is $PBS_NODEFILE
echo This job runs on the following $NPROCS nodes:
echo `cat $PBS_NODEFILE`
echo "=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-"
echo
echo command to EXE:
echo
echo
cd $PBS_O_WORKDIR

"job.sh" 27L, 803C
10楼2009-07-01 20:00:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 含草 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 12/600 2026-04-21 15:35 by 18300969621
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
信息提示
请填处理意见