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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】关于VASP运行
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含草

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于VASP运行

大家好，为什么我建好四个文件之后，还有job.sh，用qsub提交之后，没有几秒钟就算好了，但是输出文件里面全是空的，请问这是怎么回事？谢谢
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1楼 2009-06-30 08:30:04
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
这得问你们机器的管理员
你就没有运行vasp吧
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2楼2009-06-30 09:43:48
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qphll

金虫 (正式写手)
★
yjr(金币+1,VIP+0):多谢交流 6-30 21:52
请查看两个out文件,一个是qsub对应的输出文件,LSF有默认的out和err文件输出在当前计算文件夹
另外,通过查看vasp程序的out文件,也能知道是怎么一回事.
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Life, Love, Laugh.
3楼2009-06-30 14:54:27
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lerry1234

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
是不是jod.sh脚本中没有写把结果输出到本文件夹下的OUTCAR文件？
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4楼2009-06-30 18:03:31
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含草

金虫 (小有名气)
其中7054.chess_254.chess.out 文件中出现以下情况，
running on    4 nodes
distr:  one band on    4 nodes,    1 groups
vasp.4.6.31 08Feb07 complex
p3_32458:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
rm_l_3_32460: (0.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p2_32453:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11
rm_l_2_32459: (0.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p2_32453: (0.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p0_27916:  p4_error: interrupt SIGx: 13
p3_32458: (2.019531) net_send: could not write to fd=5, errno = 32
p0_27916: (6.300781) net_send: could not write to fd=4, errno = 32
请问这是什么原因，所有的输入文件全是空的
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5楼2009-06-30 21:51:41
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qphll

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请检查: 第一,确保并行是测试通过的,第二,磁盘具有写权限,并且有足够空间.
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Life, Love, Laugh.
6楼2009-06-30 22:02:31
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含草

金虫 (小有名气)
谢谢，能详细说下吗，（请检查: 第一,确保并行是测试通过的,第二,磁盘具有写权限,并且有足够空间）我还是不太懂。
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7楼2009-07-01 09:14:31
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qphll

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
It appears your code has some segmentation fault. SIGSEGV is a runtime
error caused by illegal memory/data access. If any of the processes
fails in MPI_WORLD, all processes abort.
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Life, Love, Laugh.
8楼2009-07-01 12:29:02
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qphll

金虫 (正式写手)
将详细的脚边,我是说job.sh贴出来看看,估计是哪里的一个小疏忽.
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Life, Love, Laugh.
9楼2009-07-01 12:29:35
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含草

金虫 (小有名气)
这是我的job.sh文件
#PBS -N name
### Set the number of nodes that will be used. Ensure
### that the number "nodes" matches with the need of your job
### DO NOT MODIFY THE FOLLOWING LINE FOR SINGLE-PROCESSOR JOBS!
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -l walltime=240:00:00
#PBS -q verylong
###PBS -M zhaoyj@scut.edu.cn
#PBS -m abe
export NPROCS=`wc -l $PBS_NODEFILE |gawk '//{print $1}'`
echo $NPROCS
echo The master node of this job is `hostname`
echo The working directory is `echo $PBS_O_WORKDIR`
echo The node file is $PBS_NODEFILE
echo This job runs on the following $NPROCS nodes:
echo `cat $PBS_NODEFILE`
echo "=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-"
echo
echo command to EXE:
echo
echo
cd $PBS_O_WORKDIR

"job.sh" 27L, 803C
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10楼2009-07-01 20:00:12
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