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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】菌种鉴定
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zhanghui9211

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】菌种鉴定

请问有谁做过NCBI菌种鉴定的，我现在已经得到序列了，但不知道如何进行网上比对！望有详细步骤，谢谢！
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1楼 2009-06-29 22:00:49
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figo.339

木虫 (著名写手)
★
zhanghui9211(金币+1):谢谢参与
NCBI blast分析应该可以吧！
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2楼2009-06-29 22:10:31
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lifeip

至尊木虫 (知名作家)
★
zhanghui9211(金币+1):谢谢参与
把所获序列进行blast比对，Blast网页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi。 找到核酸或蛋白blast，   把序列输进去（可黏贴），选择Database，点击Blast，等结果。看有无一致或相似结果？
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3楼2009-06-29 22:10:54
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liangzb

新虫 (初入文坛)

关于菌株鉴定

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0):欢迎发帖交流！ 7-9 22:19
在blast里边比对发现属于哪个属后 权威的做系统发育树所要参考的菌属信息就需要在TaxBrowser上输入可以确定的菌属名称 然后点击进入 和里边列出的已经发表在权威菌种鉴定的杂志上 一般是IJSEM这个杂志上的同属的菌株的序列进行系统发育树分析 一般Blast里边的好多比对信息不可信 因为提交的很多 都是简单的初步鉴定 若是新种杂志上的就可以完全参考了
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4楼2009-06-29 23:27:57
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46437772

木虫 (小有名气)
这个我会
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5楼2009-06-30 00:31:20
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hahachina

金虫 (小有名气)
★
amisking(金币+1,VIP+0):欢迎发帖交流！ 7-9 22:19
3楼朋友说的很有道理，最好是挑选一些已经得到公认的或者叫peer review的序列进行比对，这样可信度高。核酸比对结果往往还需要结合一些生理生化的鉴定。
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6楼2009-06-30 00:44:28
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yiweijie1981

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by liangzb at 2009-6-29 23:27:
在blast里边比对发现属于哪个属后 权威的做系统发育树所要参考的菌属信息就需要在TaxBrowser上输入可以确定的菌属名称 然后点击进入 和里边列出的已经发表在权威菌种鉴定的杂志上 一般是IJSEM这个杂志上的同属的菌 ...

请问在TaxBrowser上输入菌属名称，点击进入后，如何和里面的菌进行blast？
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7楼2009-07-06 01:25:32
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
搜索我写过一个贴子，怎么比较，鉴定种的
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帮助虫友，提升自己
8楼2009-07-06 02:39:21
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haichang

银虫 (小有名气)
★
amisking(金币+1,VIP+0):欢迎发帖交流！ 7-9 22:19
在NCBI中找到最高相似度的菌株
把该菌株所在的属的所有模式菌株的16S序列全部下载下来
然后用相关软件做系统进化树
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时不我待
9楼2009-07-09 21:55:31
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srlee

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
从GenBank中选择近缘菌株的16S rRNA基因序列，用软件MEGA3.1按照Neighbor-Joining方法构建16SrDNA系统发育树，不是很难的，另构建系统发育树的软件也很多的。
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10楼2009-07-09 23:21:06
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