24小时热门版块排行榜    

查看: 976  |  回复: 10
当前主题已经存档。

zhanghui9211

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】菌种鉴定

请问有谁做过NCBI菌种鉴定的,我现在已经得到序列了,但不知道如何进行网上比对!望有详细步骤,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

figo.339

木虫 (著名写手)


zhanghui9211(金币+1):谢谢参与
NCBI blast分析应该可以吧!
2楼2009-06-29 22:10:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lifeip

至尊木虫 (知名作家)


zhanghui9211(金币+1):谢谢参与
把所获序列进行blast比对,Blast网页: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi。 找到核酸或蛋白blast,   把序列输进去(可黏贴),选择Database,点击Blast,等结果。看有无一致或相似结果?
3楼2009-06-29 22:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangzb

新虫 (初入文坛)

关于菌株鉴定

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0):欢迎发帖交流! 7-9 22:19
在blast里边比对发现属于哪个属后 权威的做系统发育树所要参考的菌属信息就需要在TaxBrowser上输入可以确定的菌属名称 然后点击进入 和里边列出的已经发表在权威菌种鉴定的杂志上 一般是IJSEM这个杂志上的同属的菌株的序列进行系统发育树分析 一般Blast里边的好多比对信息不可信 因为提交的很多 都是简单的初步鉴定 若是新种杂志上的就可以完全参考了
4楼2009-06-29 23:27:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

46437772

木虫 (小有名气)

这个我会
5楼2009-06-30 00:31:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hahachina

金虫 (小有名气)


amisking(金币+1,VIP+0):欢迎发帖交流! 7-9 22:19
3楼朋友说的很有道理,最好是挑选一些已经得到公认的或者叫peer review的序列进行比对,这样可信度高。核酸比对结果往往还需要结合一些生理生化的鉴定。
6楼2009-06-30 00:44:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yiweijie1981

铁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by liangzb at 2009-6-29 23:27:
在blast里边比对发现属于哪个属后 权威的做系统发育树所要参考的菌属信息就需要在TaxBrowser上输入可以确定的菌属名称 然后点击进入 和里边列出的已经发表在权威菌种鉴定的杂志上 一般是IJSEM这个杂志上的同属的菌 ...

请问在TaxBrowser上输入菌属名称,点击进入后,如何和里面的菌进行blast?
7楼2009-07-06 01:25:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charon1982

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
搜索我写过一个贴子,怎么比较,鉴定种的
帮助虫友,提升自己
8楼2009-07-06 02:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haichang

银虫 (小有名气)


amisking(金币+1,VIP+0):欢迎发帖交流! 7-9 22:19
在NCBI中找到最高相似度的菌株
把该菌株所在的属的所有模式菌株的16S序列全部下载下来
然后用相关软件做系统进化树
时不我待
9楼2009-07-09 21:55:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

srlee

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
从GenBank中选择近缘菌株的16S rRNA基因序列,用软件MEGA3.1按照Neighbor-Joining方法构建16SrDNA系统发育树,不是很难的,另构建系统发育树的软件也很多的。
10楼2009-07-09 23:21:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhanghui9211 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +8 Ldrop2023 2026-08-13 8/400 2026-08-16 11:28 by jiege890620
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 25/1250 2026-08-16 10:53 by hmhminy
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +31 医学老男孩 2026-08-13 70/3500 2026-08-16 08:29 by 医学老男孩
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +12 archvillain 2026-08-15 23/1150 2026-08-15 20:47 by foyo404
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
请填处理意见