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zmj0630

金虫 (小有名气)

[交流] 减少引物二聚体的方法

1. 从引物自身着手,重新设计引物,这是最根本解决这一问题的办法;
2. 可能模板有问题;
3. 模板浓度过小,适当加大模板量;
4. Taq酶,引物,Mg2+浓度可能过高,可降低它们的浓度;
5. 取你所要加的上下游引物混合后,在100摄氏度下的沸水中煮5分钟,然后迅速拿出至于冰块之上瞬时冷却,这时再加入反应体系当中,引物二聚体就会消失的;
6. 所配MIX中加5%的甘油或者5%的DMSO,可以增强特异性;
7. PCR反应体系的配制在冰上进行,最后加TAq酶,PCR结束后,产物勿放置在室温下过长时间,有人认为室温下有些TAQ酶会将多余的引物合成为二聚体。
8. 增加循环数;
9. 降低退火温度后有条带,则应逐渐提高温度,若提高温度的同时产物量减少,则考虑增加镁离子浓度(根据扩增片断长度而定,片段长则相应镁离子浓度应该高一些);
10. 若降低退火温度,发现还是只有引物二聚体,而且镁离子的浓度在 20-25mmol/l没有区别,则考虑Buffer等试剂没有完全融解、混匀,导致吸取的试剂浓度不对。
11. 以上次的pcr产物作模板二次pcr,可以提高引物与模板的特异性,减少引物二聚体,如果两次时间间隔短的话,可以把原产物稀释100-1000倍,如果间隔较长可以稀释50-100倍;
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playboy723

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
呵呵   可以在反应温度高于80度之后再加tag酶   引物二聚体很大的一部分原因就是在冰上的时候就加tag酶   这样很容易就在低温时就发生扩增  当然模版就是引物本身了  呵呵  当然  实在不行的话换引物也是一种好的方法
7楼2009-06-29 10:32:43
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zhyzx

金虫 (小有名气)

学习啦!谢谢楼主啊!
2楼2009-06-28 14:47:05
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gene112

金虫 (文坛精英)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zmj0630 at 2009-6-28 14:08:
1. 从引物自身着手,重新设计引物,这是最根本解决这一问题的办法;
2. 可能模板有问题;
3. 模板浓度过小,适当加大模板量;
4. Taq酶,引物,Mg2+浓度可能过高,可降低它们的浓度;
5. 取你所要加的上下游引 ...

多谢共享。
你来,我必在;你若倾诉,我必倾听!
4楼2009-06-28 22:42:15
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wangtengxu

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
厉害
其中一些深有体会

加一条:降低引物浓度
想和有趣的人一起做有趣的事。
5楼2009-06-28 23:17:09
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