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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
【求助】*重金悬赏*静电能何以如何离谱？
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Energy Average RMSD Fluct. Drift Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- [蛋白-配体复合物在水中的模拟] Coul-SR: Protein-LIG -358.097 25.0043 24.3992 -0.0633488 -18.9414 LJ-SR: Protein-LIG -145.162 15.8001 15.6884 -0.0217339 -6.49847 Coul-SR: LIG-SOL -273.128 31.8265 31.5378 -0.0495503 -14.8157 LJ-SR: LIG-SOL -36.9597 14.52 14.2306 0.0334187 9.99226 [配体单独在水中的模拟] Coul-SR: LIG-SOL -824.378 47.1395 47.1384 -0.00357615 -1.07214 LJ-SR: LIG-SOL -94.3993 23.6678 22.2444 -0.0934096 -28.0044 各位朋友，请帮忙！我要算蛋白质-配体之间的结合自由能，上面绿色的是复合物在水中的模拟，下面蓝色的是单独配体在水中的模拟，最后的算式里需要用[复合物]-[配体]，结果，你看我红色标注的部分，是静电作用项，(-358.097)+(-273.128) - (-824.378) 配体单独在水中的静电能怎么这么大呀！我跑的都是阳性抑制剂，最后的能量由于这一离谱的项变成正的了！问题就出在这个-824.378身上，我的配体确实有两个羧基，并且都是脱去H的质子化状态，请问该如何解决？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:49 ] |
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2楼2009-06-21 19:45:20
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erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 6-22 17:38
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢，请再帮忙看一下 6-23 09:25
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我觉得LIE的自由能也不是这样算的。 比如要研究 [蛋白+配体] 这个整体，A状态是 [蛋白+配体] 在水溶液中，B状态是 [配体] 在水溶液中，能量差值应该是：A状态中 [蛋白+配体] 整体与水的作用 减去 B状态中 [配体] 与水的作用。我觉得你的A状态的能量取得不正确。 另外，因为蛋白比配体大很多，所以更合适的方法是将配体消去，所以B状态最好是 [蛋白] 在水溶液中。这样结果可能会更好。 |
5楼2009-06-22 15:06:07
7楼2009-06-23 15:18:20