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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】*重金悬赏*静电能何以如何离谱？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】*重金悬赏*静电能何以如何离谱？

Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------

[蛋白-配体复合物在水中的模拟]
Coul-SR: Protein-LIG        -358.097    25.0043    24.3992 -0.0633488   -18.9414
LJ-SR: Protein-LIG          -145.162    15.8001    15.6884 -0.0217339   -6.49847
Coul-SR: LIG-SOL             -273.128   31.8265    31.5378 -0.0495503   -14.8157
LJ-SR: LIG-SOL              -36.9597      14.52    14.2306  0.0334187    9.99226


[配体单独在水中的模拟]
Coul-SR: LIG-SOL           -824.378    47.1395    47.1384 -0.00357615   -1.07214
LJ-SR: LIG-SOL              -94.3993    23.6678    22.2444 -0.0934096   -28.0044



各位朋友，请帮忙！我要算蛋白质-配体之间的结合自由能，上面绿色的是复合物在水中的模拟，下面蓝色的是单独配体在水中的模拟，最后的算式里需要用[复合物]-[配体]，结果，你看我红色标注的部分，是静电作用项，(-358.097)+(-273.128) - (-824.378) 配体单独在水中的静电能怎么这么大呀！我跑的都是阳性抑制剂，最后的能量由于这一离谱的项变成正的了！问题就出在这个-824.378身上，我的配体确实有两个羧基，并且都是脱去H的质子化状态，请问该如何解决？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:49 ]
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1楼 2009-06-21 15:59:14
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 6-21 22:03
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢，请再帮忙看一下 6-22 10:00
这样的能量能直接相减吗。。。我没做过这一类计算，只是有点疑问。。。

[复合物]-[配体]，听起来有点像算自由能？但是算自由能也不是直接把势能相减的。

羧基负离子和水分子肯定有很强的氢键，所以我觉得模拟结果应该是合理的，是否需要重新考虑一下计算公式呢，当然我只是推测。。。
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2楼2009-06-21 19:45:20
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-21 22:04
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢，请再帮忙看一下 6-22 10:00
我不是很懂。这样相减的物理意义是什么？
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3楼2009-06-21 20:50:24
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
谢谢二位的解答，我本为了图方便，没有写计算公式，这个是LIE方法计算结合自由能的算法，就是将静电项相减乘以一个系数，再加上范德华项相减乘上一个系数。

可是我的配体分子在水中的静电作用力要远远高于结合在蛋白质上的，从这里看来这么强的水合作用力貌似不可能与蛋白质结合，但事实上这是一个成药辛伐他汀的。

怎么这么高呢。。。。。。。
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4楼2009-06-22 08:48:01
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 6-22 17:38
gwdavid(金币+5,VIP+0):谢谢，请再帮忙看一下 6-23 09:25
我觉得LIE的自由能也不是这样算的。

比如要研究 [蛋白+配体] 这个整体，A状态是  [蛋白+配体] 在水溶液中，B状态是 [配体] 在水溶液中，能量差值应该是：A状态中 [蛋白+配体] 整体与水的作用  减去  B状态中 [配体] 与水的作用。我觉得你的A状态的能量取得不正确。

另外，因为蛋白比配体大很多，所以更合适的方法是将配体消去，所以B状态最好是 [蛋白] 在水溶液中。这样结果可能会更好。
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5楼2009-06-22 15:06:07
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009/6/22 15:06:
我觉得LIE的自由能也不是这样算的。

比如要研究 [蛋白+配体] 这个整体，A状态是  [蛋白+配体] 在水溶液中，B状态是 [配体] 在水溶液中，能量差值应该是：A状态中 [蛋白+配体] 整体与水的作用  减去  B状态中 [ ...

兄弟谢谢啊先，我在考虑这样的一个原因，就是说我用的是配体分子，把羧基中的两个H去掉了，就是带了两个电荷，但是在水中加了两个NA中和，这个对静电力影响大吗？兄弟怎么看？
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6楼2009-06-23 10:11:52
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢 6-23 16:36
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-14 11:37
我没做过类似计算，所以不敢肯定说如何，但是我觉得要看实际应用体系的pH值吧，比如人体内的环境，或者一些实验里使用缓冲液，个人更倾向于使用羧酸根加钠离子。
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7楼2009-06-23 15:18:20
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢！ 7-14 10:41
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-14 11:37
这个方法有意识地忽略了protein-solvent相互作用，可能是认为变化不大。我对这一点是有疑问的，这可能造成很大的误差。你的结果看起来合理，ligand在复合物中是-200多，单独是-800多，我说合理是指相对而言。
另，实际能结合的抑制剂，计算得到正值，也经常发生吧。呵呵
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8楼2009-07-14 01:09:24
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