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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】聚集态模拟

大家好:
         首先说明一下,我不是做计算机模拟的,如果说了外行话,请大家谅解。
         我们是做超分子组装的,其实也就是合成小分子,然后因为分子间有氢键等作用,在溶液中形成聚集态结构,就可以用电镜SEM扫描表征。
        我们现在的问题是:电镜SEM扫描的图像比较规整,有六边形,球性什么的,但是我们不好解释,想用计算机模拟下,对结构就行分析。我初步学了hyperchem,有MS软件但没学,我想问高手:能否用软件模拟聚集态的结构,一次几百个分子(模拟单个分子我已经会了),模拟几百个分子怎么聚集形成不同的结构,大概怎么做,告诉我选择什么方法就可以啦,自己可以去摸索。谢谢。

     Qq:416380393

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 14:03 ]
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wsyg1986(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-19 11:55
wsyg1986(金币+3,VIP+0):全给您了,多谢了啊,那我就学您推荐的好啦,多谢啦 6-19 14:35
同意2楼的建议。
聚集态/氢键体系/上百个分子,正是经典全原子分子动力学的强项,而用其他方法不能完成。
MS 中的discover 模块可以做,但速度远逊于gmx,namd等。
如果没有超级计算机,最好不要用MS。而后面提到的2个都是免费软件,口碑也很好。
3楼2009-06-19 10:11:10
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wsyg1986(金币+1):谢谢参与
wsyg1986(金币+5,VIP+0):非常感谢。 6-19 08:27
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-19 11:55
可以的,不知道你的小分子是什么,大概有几个原子。
如果分子比较小,而自己有比较强大的集群,还是建议用全原子的MD模拟,因为你体系里面有氢键了。
如果分子比较大,建立用CGMD或者介观模拟,但是这样恐怕看不出氢键作用了。
做聚集体是比较费时的。。。一般都要做上百个ns。。。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2009-06-18 22:44:45
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