24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 259  |  回复: 2
当前主题已经存档。

wsyg1986

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】聚集态模拟

大家好:
         首先说明一下,我不是做计算机模拟的,如果说了外行话,请大家谅解。
         我们是做超分子组装的,其实也就是合成小分子,然后因为分子间有氢键等作用,在溶液中形成聚集态结构,就可以用电镜SEM扫描表征。
        我们现在的问题是:电镜SEM扫描的图像比较规整,有六边形,球性什么的,但是我们不好解释,想用计算机模拟下,对结构就行分析。我初步学了hyperchem,有MS软件但没学,我想问高手:能否用软件模拟聚集态的结构,一次几百个分子(模拟单个分子我已经会了),模拟几百个分子怎么聚集形成不同的结构,大概怎么做,告诉我选择什么方法就可以啦,自己可以去摸索。谢谢。

     Qq:416380393

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 14:03 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wsyg1986(金币+1):谢谢参与
wsyg1986(金币+5,VIP+0):非常感谢。 6-19 08:27
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-19 11:55
可以的,不知道你的小分子是什么,大概有几个原子。
如果分子比较小,而自己有比较强大的集群,还是建议用全原子的MD模拟,因为你体系里面有氢键了。
如果分子比较大,建立用CGMD或者介观模拟,但是这样恐怕看不出氢键作用了。
做聚集体是比较费时的。。。一般都要做上百个ns。。。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2009-06-18 22:44:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wsyg1986(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-19 11:55
wsyg1986(金币+3,VIP+0):全给您了,多谢了啊,那我就学您推荐的好啦,多谢啦 6-19 14:35
同意2楼的建议。
聚集态/氢键体系/上百个分子,正是经典全原子分子动力学的强项,而用其他方法不能完成。
MS 中的discover 模块可以做,但速度远逊于gmx,namd等。
如果没有超级计算机,最好不要用MS。而后面提到的2个都是免费软件,口碑也很好。
3楼2009-06-19 10:11:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wsyg1986 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕,求调剂,接受其他专业 +9 what张 2026-04-01 10/500 2026-04-06 22:15 by qlm5820
[考研] 347材料专硕求调剂 +7 zj8215216 2026-04-06 7/350 2026-04-06 21:57 by dongzh2009
[考研] 318求调剂 +12 ykyhsa 2026-04-05 14/700 2026-04-06 17:46 by fuyu_
[考研] 求调剂 +11 xzghyuj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 11:49 by lijunpoly
[考研] 化学调剂求助 +8 LULONG1 2026-04-03 8/400 2026-04-06 10:26 by dongzh2009
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +13 努力奋斗112 2026-04-04 13/650 2026-04-06 07:13 by jj987
[考研] 085602调剂 初试总分335 +9 19123253302 2026-04-05 9/450 2026-04-06 06:14 by houyaoxu
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:07 by 啵啵啵0119
[考研] 275求调剂 +16 waltzh 2026-04-01 16/800 2026-04-05 17:14 by Hdyxbekcb
[考研] 282求调剂 +3 aaa车辆 2026-04-01 3/150 2026-04-05 17:03 by yulian1987
[考研] 085400电子信息319求调剂(接受跨专业调剂) +5 星星不眨眼喽 2026-04-03 6/300 2026-04-04 21:50 by hemengdong
[考研] 求调剂:085600材料与化工,考材科基,总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 一志愿东北大学085901土木专硕345求调剂 +3 zxt11111 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:21 by 土木硕士招生
[考研] 265求调剂 +20 梁梁校校 2026-04-01 21/1050 2026-04-04 00:38 by userper
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿a区211,085601-307分求调剂 +13 党嘉豪 2026-03-31 26/1300 2026-04-03 08:33 by 495374996
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 348求调剂 +11 zzzzyk123 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:52 by Wang200018
[考研] 材料专业调剂 +5 啦啦啦哭 2026-03-31 6/300 2026-04-01 16:48 by JourneyLucky
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
信息提示
请填处理意见