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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】聚集态模拟
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wsyg1986

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】聚集态模拟

大家好：
         首先说明一下，我不是做计算机模拟的，如果说了外行话，请大家谅解。
         我们是做超分子组装的，其实也就是合成小分子，然后因为分子间有氢键等作用，在溶液中形成聚集态结构，就可以用电镜SEM扫描表征。
        我们现在的问题是：电镜SEM扫描的图像比较规整，有六边形，球性什么的，但是我们不好解释，想用计算机模拟下，对结构就行分析。我初步学了hyperchem，有MS软件但没学，我想问高手：能否用软件模拟聚集态的结构，一次几百个分子（模拟单个分子我已经会了），模拟几百个分子怎么聚集形成不同的结构，大概怎么做，告诉我选择什么方法就可以啦，自己可以去摸索。谢谢。

     Qq：416380393

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 14:03 ]
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1楼 2009-06-18 14:56:45
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wsyg1986(金币+1):谢谢参与
wsyg1986(金币+5,VIP+0):非常感谢。 6-19 08:27
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-19 11:55
可以的，不知道你的小分子是什么，大概有几个原子。
如果分子比较小，而自己有比较强大的集群，还是建议用全原子的MD模拟，因为你体系里面有氢键了。
如果分子比较大，建立用CGMD或者介观模拟，但是这样恐怕看不出氢键作用了。
做聚集体是比较费时的。。。一般都要做上百个ns。。。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2009-06-18 22:44:45
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wsyg1986(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-19 11:55
wsyg1986(金币+3,VIP+0):全给您了，多谢了啊，那我就学您推荐的好啦，多谢啦 6-19 14:35
同意2楼的建议。
聚集态/氢键体系/上百个分子，正是经典全原子分子动力学的强项，而用其他方法不能完成。
MS 中的discover 模块可以做，但速度远逊于gmx，namd等。
如果没有超级计算机，最好不要用MS。而后面提到的2个都是免费软件，口碑也很好。
赞一下(12人) 回复此楼
3楼2009-06-19 10:11:10
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