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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 扩增ORF时的引物设计求助
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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文献杰出贡献

[交流] 扩增ORF时的引物设计求助

最近通过文库筛选获得一个包含新基因的序列，测序结果分析得到想要的ORF，设计引物获得ORF全长的时候出现了问题，恳请有经验的兄弟姐妹给予指点哈。

上游引物应该没什么问题：
CGG（保护碱基）＋GGTACC（酶切位点）＋ATGAATAATTCAATAACGATTGAT
下游引物设计时头都大了：
CCG（保护碱基）＋GAATTC（酶切位点）＋TCAAATAATTGAAGAAAAAATTAC

下游引物里面有连续的6个A，这个在扩增时候会不会出问题啊。而且G+C的含量很低，Tm值不高，错配的可能性比较大。


引物设计在行的高手帮帮忙哈。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
1楼 2009-06-15 18:00:13
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
反正能切胶，不用怕
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2楼2009-06-15 18:01:56
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2009-6-15 18:01:
反正能切胶，不用怕

那我连接到表达载体上后，再测序确认下有必要么？
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
3楼2009-06-15 18:05:17
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
最好是再测一下
毕竟只要经过PCR，就会有错的概率存在
尤其你是要表达蛋白的，测个序心里会有底
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4楼2009-06-15 18:08:43
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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文献杰出贡献
嗯，o(∩_∩)o...谢谢楼上哈，1194bp的序列，还是比较可能产生突变的，还是测序下保险。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
5楼2009-06-15 18:10:30
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