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灯泡3204

木虫 (著名写手)

[求助] 加H不合理 已有2人参与

checkcif时发现A类错误,Short Inter D-H..H-X           H2’ ..H7 . 1.38 Ang.
2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check

其中H2'是氧上的活泼H,H7为C上的H,重新加H,以及限制键长都没有解决,请专家高手给与指导,谢谢!

lst文件中未显示有无序,但是某些原子椭球率比较高,
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灯泡3204

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 灯泡3204 at 2019-12-05 16:15:11
重新解析后checkcif,错误变了
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H1'A     ..H6       .       1.75 Ang.  
                                               2-x,1/2+y,-z  =      2_755 Check
...

PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H1'A     ..H6       .       1.75 Ang.  
                                               2-x,1/2+y,-z  =      2_755 Check
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H3'      ..H5       .       1.39 Ang.  
                                                  1+x,1+y,z  =      1_665 Check
Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type
B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354.

Alert level B
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O2'      --H2'      .     Please Check
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O3'      --H3'      .     Please Check
Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable
acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule
there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H   
and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated
position pointing in the wrong direction.
6楼2019-12-05 16:21:15
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HDJ_Tokyo

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
两个氢原子距离太近,限制远离一下就好了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

微信公众号:Tokyo。B站Up主:DJ_Tokyo。知乎:Tokyo。
2楼2019-12-05 12:51:44
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灯泡3204

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by HDJ_Tokyo at 2019-12-05 12:51:44
两个氢原子距离太近,限制远离一下就好了

如何限制啊,用什么命令呢?我刚刚算入门
3楼2019-12-05 13:43:10
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HDJ_Tokyo

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 灯泡3204 at 2019-12-05 13:43:10
如何限制啊,用什么命令呢?我刚刚算入门...

dfix限制两个氢原子的距离
微信公众号:Tokyo。B站Up主:DJ_Tokyo。知乎:Tokyo。
4楼2019-12-05 16:13:07
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