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灯泡3204

木虫 (著名写手)

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专业: 微生物药物

[求助] 加H不合理已有2人参与

checkcif时发现A类错误，Short Inter D-H..H-X H2’ ..H7 . 1.38 Ang.
2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check

其中H2'是氧上的活泼H，H7为C上的H,重新加H，以及限制键长都没有解决，请专家高手给与指导，谢谢！

lst文件中未显示有无序，但是某些原子椭球率比较高，

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1楼 2019-12-05 11:33:59

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灯泡3204

木虫 (著名写手)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 灯泡3204 at 2019-12-05 13:43:10
如何限制啊，用什么命令呢？我刚刚算入门...

重新解析后checkcif，错误变了
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H1'A    ..H6    .    1.75 Ang.
                                             2-x,1/2+y,-z  =    2_755 Check

Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type
B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354.

PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H3'    ..H5    .    1.39 Ang.
                                                1+x,1+y,z  =    1_665 Check
Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable
acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule
there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H
and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated
position pointing in the wrong direction.