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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs中配体分子在水中模拟要不要去掉羧基上的H？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs中配体分子在水中模拟要不要去掉羧基上的H？

我一个配体分子上有两个羧基，现在想通过动力学模拟得到它在水溶液中的LJ(Ligand-SOL)和Coul(Ligand-SOL)作用项，请问应不应该去掉羧基上的H来模拟呢？

谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
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1楼 2009-06-10 22:55:04
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xuefei06

木虫 (正式写手)
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yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 6-12 09:24
全原子模拟最好不要去掉，去掉就是联合原子模拟了，那样的话原子的参数就会不一样了
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2楼2009-06-11 18:45:26
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009/6/11 18:45:
全原子模拟最好不要去掉，去掉就是联合原子模拟了，那样的话原子的参数就会不一样了

飞兄，请帮忙解答一下：
我用的是ffG43a2力场，
1.这个力场适合模拟生物体系吗？怎么查这些力场的适用范围
2.这个力场是全原子的还是联合原子的？在哪里查啊？
3.蛋白质中的残基他是自动处理成带电荷形式的，那我这个配体分子自己手工操作用不用也把羧基处理成带电荷的质子化形式？

又是一堆问题，真是麻烦飞兄，在这里深表感谢先！
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3楼2009-06-11 20:38:30
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xuefei06

木虫 (正式写手)
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yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 6-13 19:13
ffG43a2 是GROMOS-96力场的一种，它适合模拟生物分子体系，它是全原子模型力场，力场的使用范围你可以看下GROMOS-96 manual，“Biomolecular Simulation: The Gromos 96 Manual and User Guide ”，你可以上网查一下，至于要不要带电，要根据你的体系来确定了，一般烷基不带电，极性大的基团带电，整个分子是电中性的，分子电荷的分布一般是由量化模拟得到的。
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4楼2009-06-13 19:10:40
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