应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs中配体分子在水中模拟要不要去掉羧基上的H？
41/1返回列表
查看: 453  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs中配体分子在水中模拟要不要去掉羧基上的H？

我一个配体分子上有两个羧基，现在想通过动力学模拟得到它在水溶液中的LJ(Ligand-SOL)和Coul(Ligand-SOL)作用项，请问应不应该去掉羧基上的H来模拟呢？

谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:47 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-06-10 22:55:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 6-12 09:24
全原子模拟最好不要去掉，去掉就是联合原子模拟了，那样的话原子的参数就会不一样了
赞一下(7人) 回复此楼
2楼2009-06-11 18:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009/6/11 18:45:
全原子模拟最好不要去掉，去掉就是联合原子模拟了，那样的话原子的参数就会不一样了

飞兄，请帮忙解答一下：
我用的是ffG43a2力场，
1.这个力场适合模拟生物体系吗？怎么查这些力场的适用范围
2.这个力场是全原子的还是联合原子的？在哪里查啊？
3.蛋白质中的残基他是自动处理成带电荷形式的，那我这个配体分子自己手工操作用不用也把羧基处理成带电荷的质子化形式？

又是一堆问题，真是麻烦飞兄，在这里深表感谢先！
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-06-11 20:38:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+3,VIP+0):欢迎参加讨论 6-13 19:13
ffG43a2 是GROMOS-96力场的一种，它适合模拟生物分子体系，它是全原子模型力场，力场的使用范围你可以看下GROMOS-96 manual，“Biomolecular Simulation: The Gromos 96 Manual and User Guide ”，你可以上网查一下，至于要不要带电，要根据你的体系来确定了，一般烷基不带电，极性大的基团带电，整个分子是电中性的，分子电荷的分布一般是由量化模拟得到的。
赞一下(7人) 回复此楼
4楼2009-06-13 19:10:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gwdavid 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭