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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 做进化树及相关菜鸟问题
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cathyryw

新虫 (初入文坛)

[交流] 做进化树及相关菜鸟问题

本人是环境科学专业的，但研究方向跟生物专业有相关，现我筛选到一株细菌，打算写篇文章。其中我构建了一个进化树，并列了表格说明细菌的各种生理生化特征。前几天投稿后，编辑给我来信，希望我重新做进化树和表格，要求是选择closely related species。我的那株细菌是个芽孢杆菌，所以我就在Blastn里找了一些芽孢杆菌的序列号、基因序列来做，现在看来不符合编辑的要求。

所以我在这里请教大家，应当如何选取比对的细菌呢？我在NCBI中比对时，发现了几十种最高相似度为94%的，我要从中选择吗？另外，编辑还希望我的表格也扩充，增加closely related species的生理生化特征来对照，这些菌可以用进化树里找的那些吗？

非常感谢！
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1楼 2009-06-10 22:49:31
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lishu2003528

新虫 (初入文坛)

同感啊

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我做放线菌的菌种鉴定时，同源性99%以上的就有十几株，更离谱的是，这些菌种后面都有。SP，就是未定名的种，最最头疼的是，相似性极高的菌株，与我的菌株的培养特省相差甚大，鉴定手册中表型相近的种与我的菌株同源性又不高。最后有个老师建议，先用培养特征和生理生化特性，从鉴定手册中选出几株与之相似菌株，然后与我的菌株一起比较同源性，选最高的那株。还有我用的是DNAMAN软件，效果不好，，其他软件我还没有，不知能否相互交流一下。
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5楼2009-06-11 09:35:38
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)
去拜读我的写的帖子吧
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帮助虫友，提升自己
2楼2009-06-10 23:04:41
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finding1371

银虫 (小有名气)
你要先做个菌株鉴定，让测序公司做或者自己扩增保守区测序后比对，然后构建进化树
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3楼2009-06-10 23:25:54
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cathyryw

新虫 (初入文坛)
鉴定都做完了，现在的问题就是在建树的时候，不知道选择比对的菌种的原则
引用回帖:
Originally posted by finding1371 at 2009-6-10 23:25:
你要先做个菌株鉴定，让测序公司做或者自己扩增保守区测序后比对，然后构建进化树

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4楼2009-06-11 00:15:31
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