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做进化树及相关菜鸟问题
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本人是环境科学专业的，但研究方向跟生物专业有相关，现我筛选到一株细菌，打算写篇文章。其中我构建了一个进化树，并列了表格说明细菌的各种生理生化特征。前几天投稿后，编辑给我来信，希望我重新做进化树和表格，要求是选择closely related species。我的那株细菌是个芽孢杆菌，所以我就在Blastn里找了一些芽孢杆菌的序列号、基因序列来做，现在看来不符合编辑的要求。 所以我在这里请教大家，应当如何选取比对的细菌呢？我在NCBI中比对时，发现了几十种最高相似度为94%的，我要从中选择吗？另外，编辑还希望我的表格也扩充，增加closely related species的生理生化特征来对照，这些菌可以用进化树里找的那些吗？ 非常感谢！ |
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