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cathyryw

新虫 (初入文坛)

[交流] 做进化树及相关菜鸟问题

本人是环境科学专业的,但研究方向跟生物专业有相关,现我筛选到一株细菌,打算写篇文章。其中我构建了一个进化树,并列了表格说明细菌的各种生理生化特征。前几天投稿后,编辑给我来信,希望我重新做进化树和表格,要求是选择closely related species。我的那株细菌是个芽孢杆菌,所以我就在Blastn里找了一些芽孢杆菌的序列号、基因序列来做,现在看来不符合编辑的要求。

所以我在这里请教大家,应当如何选取比对的细菌呢?我在NCBI中比对时,发现了几十种最高相似度为94%的,我要从中选择吗?另外,编辑还希望我的表格也扩充,增加closely related species的生理生化特征来对照,这些菌可以用进化树里找的那些吗?

非常感谢!
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cathyryw

新虫 (初入文坛)

鉴定都做完了,现在的问题就是在建树的时候,不知道选择比对的菌种的原则
引用回帖:
Originally posted by finding1371 at 2009-6-10 23:25:
你要先做个菌株鉴定,让测序公司做或者自己扩增保守区测序后比对,然后构建进化树

4楼2009-06-11 00:15:31
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

去拜读我的写的帖子吧
帮助虫友,提升自己
2楼2009-06-10 23:04:41
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finding1371

银虫 (小有名气)

你要先做个菌株鉴定,让测序公司做或者自己扩增保守区测序后比对,然后构建进化树
3楼2009-06-10 23:25:54
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lishu2003528

新虫 (初入文坛)

同感啊


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我做放线菌的菌种鉴定时,同源性99%以上的就有十几株,更离谱的是,这些菌种后面都有。SP,就是未定名的种,最最头疼的是,相似性极高的菌株,与我的菌株的培养特省相差甚大,鉴定手册中表型相近的种与我的菌株同源性又不高。最后有个老师建议,先用培养特征和生理生化特性,从鉴定手册中选出几株与之相似菌株,然后与我的菌株一起比较同源性,选最高的那株。还有我用的是DNAMAN软件,效果不好,,其他软件我还没有,不知能否相互交流一下。
5楼2009-06-11 09:35:38
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