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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 同构晶体的对称性操作求助

请问同构的晶体怎样实现完全一样的对称性操作?也就是说同构晶体之间原子的对称代码完全一致,包括氢键的。
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解晶体 crystal

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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
zhaoyangqufu(金币+5,VIP+0):非常感谢!!! 6-18 16:37
我已经找到问题所在,



这个和精修没有关系, 你用Tb的xyz u 数据直接拿来修Eu的, 得到的结果是可用的, 除了两个水上的氢变得与Eu太近了以外.



问题是在Eu结构中, 个别Eu-Eu距离和Eu-C的距离比较近, 结果 程序把它们算成成键的了,

于是在CIF中,就把这些Eu-Eu, Eu-C也列入了,

正好, 其中的Eu-C, 又涉及到symmetry code的,

而做成表后的symmetry code的顺序 #1 #2是以这些codes在CIF中出现的顺序来标的.



所以不奇怪,在Eu结构中, 必然的, x-1/2,-y+1/2,z-1/2 变成#2了. 以下就乱了.



解决办法,

在1结构中,把Eu-C Eu-Eu键删去.





具体请比较



在结构1的CIF中



C40 Eu1 3.251(6) 8_455 ?
C41 N9 1.127(7) . ?
C41 Cu4 1.865(6) 1_565 ?
C42 N13 1.149(12) 2_556 ?
C42 C42 1.149(12) 2_556 ?
.
.
.

Eu1 O4W 2.494(4) . ?
Eu1 O3W 2.496(4) . ?
Eu1 C40 3.251(6) 8_556 ?





而在2的CIF中



C41 N9 1.130(8) . ?
C41 Cu4 1.853(6) 1_565 ?
C42 N13 1.137(11) 2_556 ?
C42 C42 1.137(11) 2_556 ?
.

.

.

Tb1 O3 2.400(4) . ?
Tb1 O4W 2.469(4) . ?
Tb1 O3W 2.480(4) . ?







由于你送给我的不是最后的CIF,

我就不帮你改了,

你自己改后,产生TEX,看看是不是这么回事.
xi2004-emuch@163.com
7楼2009-06-18 00:20:48
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)

我已经尝试用一个晶体的ins文件去精修另一个晶体,还是无法实现完全一致的对称性操作。请大家帮忙出出主意吧。
2楼2009-06-09 21:51:10
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
zhaoyangqufu(金币+3,VIP+0):谢谢。 6-9 22:20
这么做应该没问题啊,是不是两个晶体数据里原子顺序排列的不一样啊
但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
3楼2009-06-09 21:57:52
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huihuijing6303

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
zhaoyangqufu(金币+3,VIP+0):我只是把ins文件的不同的金属原子换了换,其他的都没动,包括氢键。不知道对不对? 6-9 22:21
只要是同种构型的晶体一般就用同样的空间群去精修就可以了。氢键都是自己加的,跟修没关系啊。
4楼2009-06-09 21:58:03
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