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zhaoyangqufu至尊木虫 (知名作家)
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[交流]
同构晶体的对称性操作求助
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| 请问同构的晶体怎样实现完全一样的对称性操作？也就是说同构晶体之间原子的对称代码完全一致，包括氢键的。 |
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 解晶体 | crystal |
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zhaoyangqufu(金币+5,VIP+0):非常感谢！！！ 6-18 16:37
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我已经找到问题所在, 这个和精修没有关系, 你用Tb的xyz u 数据直接拿来修Eu的, 得到的结果是可用的, 除了两个水上的氢变得与Eu太近了以外. 问题是在Eu结构中, 个别Eu-Eu距离和Eu-C的距离比较近, 结果 程序把它们算成成键的了, 于是在CIF中,就把这些Eu-Eu, Eu-C也列入了, 正好, 其中的Eu-C, 又涉及到symmetry code的, 而做成表后的symmetry code的顺序 #1 #2是以这些codes在CIF中出现的顺序来标的. 所以不奇怪,在Eu结构中, 必然的, x-1/2,-y+1/2,z-1/2 变成#2了. 以下就乱了. 解决办法, 在1结构中,把Eu-C Eu-Eu键删去. 具体请比较 在结构1的CIF中 C40 Eu1 3.251(6) 8_455 ? C41 N9 1.127(7) . ? C41 Cu4 1.865(6) 1_565 ? C42 N13 1.149(12) 2_556 ? C42 C42 1.149(12) 2_556 ? . . . Eu1 O4W 2.494(4) . ? Eu1 O3W 2.496(4) . ? Eu1 C40 3.251(6) 8_556 ? 而在2的CIF中 C41 N9 1.130(8) . ? C41 Cu4 1.853(6) 1_565 ? C42 N13 1.137(11) 2_556 ? C42 C42 1.137(11) 2_556 ? . . . Tb1 O3 2.400(4) . ? Tb1 O4W 2.469(4) . ? Tb1 O3W 2.480(4) . ? 由于你送给我的不是最后的CIF, 我就不帮你改了, 你自己改后,产生TEX,看看是不是这么回事. |
7楼2009-06-18 00:20:48