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lyn0510

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 20金币求助片段拼接

实验得到全长基因的四个片段,四个片段拼接起来就能得到全长基因,每个片段在1K左右,片段两两之间有100-300的同源区域,尝试用OVER-LAP PCR的方法拼接,但没有连上,求高人指点,如果能做出,再给金币,并深深感谢!
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wufengjian

木虫 (正式写手)

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lyn0510(金币+20,VIP+0):感谢专业指导,呼呼 6-13 10:33
sanko211(金币+5,VIP+0):谢谢您的积极参与。 6-13 11:02
不对称PCR,你要的那条链的引物浓度是另一条的5-10倍左右,即两头的两条引物浓度是中间的两条的5-10倍左右。你可以两头的两条引物设成正常浓度,中间的设成它的1/5来试试。要拼接的两条模板也要适量多加些,各加个几百纳克差不多了吧。至于退火温度你可以试试60,55 ,50,48等等几个,因为没做过你这种几百个碱基互补的,所以也不好猜,不过既然有几百个互补,应该不成问题。我曾经用50度,一次连上三个片段,共长1800左右.
做成功后希望交流一下。

[ Last edited by wufengjian on 2009-6-11 at 00:23 ]
6楼2009-06-11 00:21:19
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shamoyuji

木虫 (正式写手)

NCBI上有序列并接的,到那里试一试~我上次是在那里并接的。
2楼2009-06-09 20:45:42
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lyn0510

至尊木虫 (著名写手)

不是序列的拼接,是实际的PCR产物的拼接,拼出基因全长后还要做表达的,序列的拼接已经知道了的,谢谢,继续求助
3楼2009-06-09 20:51:18
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wufengjian

木虫 (正式写手)

我之前连过三个片段,用的就是Over-lap.
先将前两段1,2拼接,再将后两段3,4拼接,最后再将两个拼接好的片断接上。具体做法,比如拼接前两个片段1,2时:先将两个片段的首尾分别设计引物,放在一个体系中,第一个片断的5‘-3’引物多加点,第二个片断的3‘-5’引物多加点;这样使不对称PCR和OVER-Lap PCR 同时进行,退火温度可以放的低一点,你有几百个碱基德互补,应该非常好做。最后切胶回收。同理适用于其他片段。
祝实验顺利。
4楼2009-06-10 08:37:50
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