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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock里什么情况下把酰胺键设置为可旋转的
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吃书少年

铜虫 (小有名气)

[交流] autodock里什么情况下把酰胺键设置为可旋转的 已有4人参与

如题，最近做对接，发现把我的小分子里的酰胺键设置为可旋转的话对接效果会比不可旋转好很多。可是酰胺键一般被认为是不可旋转，这样做会不会不合理？但autodock里又有设置酰胺键可旋转的选项，在什么情况下被认为是可旋转的？

发自小木虫Android客户端
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1楼 2019-11-20 23:41:24
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pl942

禁虫 (小有名气)
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2楼2020-01-02 09:45:57
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pl979

禁虫 (小有名气)
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3楼2020-01-07 11:17:29
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pl967

禁虫 (小有名气)
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4楼2020-01-09 11:09:49
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一代米哟

新虫 (小有名气)
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一般是不可旋转，但出现一定程度的旋转也是可以的，毕竟在蛋白口袋内，受到周围残基的影响。将它设置为可旋转，就能得到更多可能性结果，然后再从中挑选出符合预期的就行了。如果不想这么麻烦，推荐用DOCK 6，比AutoDock更准确，详情请百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK 6.9）】计算教程。
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5楼2021-12-02 16:23:04
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